LIRBase

lirbase

在这些基因组中，总共收集了427个真核生物基因组，并系统鉴定出长期倒反转重复序列（LIR，超过800 nt） 。以下功能在LIRBASE中实现。

1. 浏览LIR在427个真核基因组中鉴定出的序列，LIR的结构以及LIR和基因之间的重叠。
2. 通过基因组位置搜索特定基因组中的LIRB 。
3. 通过LIRS的标识符在特定基因组中搜索LIRBASE 。
4. 使用BLAST通过序列相似性搜索lirbase。
5. 检测和注释用户剥离的DNA序列中的LIR 。
6. 将小的RN​​A测序数据与特定基因组的LIR相一致，以检测LIRS的小RNA的起源并量化小RNA和LIR的表达水平。
7. 对不同生物样品/组织之间的LIR或小RNA进行差异表达分析。
8. 通过检测小RNA和蛋白质编码基因的cDNA序列之间的互补匹配，鉴定由LIR衍生的小RNA靶向的蛋白质编码基因。
9. 预测并可视化使用RNA Fold通过LIR编码的潜在HPRNA的二级结构。

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在线使用lirbase

Lirbase部署在venyao.xyz/lirbase/供在线使用。

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在本地或Web Linux服务器上部署lirbase

步骤1：安装R

请检查cran（cran.r-project.org）以安装R。

步骤2：安装lirbase所需的r闪亮软件包和其他包装

启动R会话并在R中运行这些行：

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

有关更多信息，请检查以下页面：
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
shiny.rstudio.com

步骤3：安装Shiny-Server

请检查以下页面以安装Shiny-Server。
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

步骤4：安装BLAST+

在系统路径上下载并安装BLAST+。检查opensource.com/article/17/6/set-path-linux，以在Linux中设置系统路径。
请检查bast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type = blastDocs&doc_type=下载load下载和安装Blast+。

步骤5：安装Bowtie

在系统路径上下载并安装Bowtie。检查opensource.com/article/17/6/set-path-linux，以在Linux中设置系统路径。
请检查bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml和github.com/benlangmead/bowtie，以便下载和安装Bowtie。

步骤6：上传lirbase的源文件

将包含LIRBASE代码和数据的目录放入 /srv /shiny-server。
从LIRBASE的数据菜单下载的BLASTN数据库文件应放置在LIRBASE的www目录下的LIRBASE_BLASTDB目录中。
从LIRBASE的数据菜单下载的下载的Bowtie索引文件应放置在LIRBASE的www目录下的Lirbase_bowtiedb目录中。
从lirbase的数据菜单下载的下载的inverted_repeat_tructure文件应放在LIRBASE的www目录下的表目录中。
从lirbase的数据菜单下载的下载的inverted_repeat_sequence文件应放置在lirbase的www目录下的fasta目录中。
从LIRBASE的数据菜单下载的下载的IRF_STEM_ALIGNMENT文件应放置在LIRBASE的www目录下的HTML目录中。

步骤7：配置Shiny Server（/etc/shiny-server/shiny-server.conf）

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

步骤8：更改Lirbase目录的所有者

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

步骤9：启动Shiny-Server

 $ start shiny-server  

现在，LIRBASE应用可在http：// ipaddressoftheserver上获得：3838/lirbase/（Remeber替换ipaddressoftheserver作为Linux Server的实际IP地址）。