LIRBase

Libase

Un total de 427 génomes eucaryotes ont été collectés et les longues répétitions inversées (LIR, plus de 800 nt) dans ces génomes ont été systématiquement identifiées. Les fonctionnalités suivantes sont implémentées dans Lirbase.

1. LIRS de parcourir identifiés dans 427 génomes eucaryotes pour les séquences, les structures des LIR et les chevauchements entre LIRS et Genes.
2. Recherchez Lirbase pour les LIR dans un génome spécifique par des emplacements génomiques .
3. Recherchez Lirbase pour les LIR dans un génome spécifique par les identificateurs de LIR.
4. Recherchez LIRBase par similitude de séquence en utilisant BLAST .
5. Détecter et annoter les LIR dans les séquences d'ADN téléchargées par l'utilisateur.
6. Alignez les petites données de séquençage d'ARN à des LIR d'un génome spécifique pour détecter l'origine des petits ARN à partir de LIR et quantifier le niveau d'expression des petits ARN et des LIR.
7. Effectuer une analyse d'expression différentielle des LIR ou de petits ARN entre différents échantillons biologiques / tissus.
8. Identifier les gènes codant pour les protéines ciblés par les petits ARN dérivés d'un LIR en détectant les correspondances complémentaires entre les petits ARN et la séquence d'ADNc des gènes codant pour les protéines.
9. Prédire et visualisez la structure secondaire du HPRNA potentiel codé par un LIR en utilisant un ARNolf.

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Utilisez Lirbase en ligne

Lirbase est déployé sur venyao.xyz/lirbase/ pour un usage en ligne.

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Déployer Lirbase sur le serveur Linux local ou Web

Étape 1: Installer R

Veuillez vérifier Cran (cran.r-project.org) pour l'installation de R.

Étape 2: Installez le package R Shiny et les autres packages requis par Lirbase

Démarrez une session R et exécutez ces lignes dans R:

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

Pour plus d'informations, veuillez consulter les pages suivantes:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
shiny.rstudio.com

Étape 3: Installer Shiny-Server

Veuillez vérifier les pages suivantes pour l'installation de Shiny-Server.
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

Étape 4: Installer Blast +

Téléchargez et installez BLAST + sur votre chemin système. Vérifiez OpenSource.com/article/17/6/set-path-inux pour le réglage du chemin du système dans Linux.
Veuillez vérifier Blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download pour le téléchargement et l'installation de Blast +.

Étape 5: Installez le nœud papillon

Téléchargez et installez Bowtie sur votre chemin système. Vérifiez OpenSource.com/article/17/6/set-path-inux pour le réglage du chemin du système dans Linux.
Veuillez vérifier Bowtie-bio.sourceForge.net/index.shtml et github.com/benlangmead/bowtie pour le téléchargement et l'installation de Bowtie.

Étape 6: Télécharger les fichiers source de LirBase

Mettez le répertoire contenant le code et les données de LirBase sur / srv / shiny-server.
Les fichiers de base de données BLASTN téléchargés à partir du menu de données de Lirbase doivent être placés dans le répertoire LIRBASE_BLASTDB sous le répertoire www de Lirbase.
Les fichiers d'index Bowtie téléchargés téléchargés à partir du menu de données de Lirbase doivent être placés dans le répertoire LIRBASE_BOWTIEDB sous le répertoire www de Lirbase.
Les fichiers téléchargés Inversed_repeat_structure téléchargés à partir du menu de données de Lirbase doivent être placés dans le répertoire de table sous le répertoire www de Lirbase.
Les fichiers téléchargés Inversed_repeat_Sequence téléchargés à partir du menu de données de Lirbase doivent être placés dans le répertoire Fasta sous le répertoire www de Lirbase.
Les fichiers téléchargés IRF_STEM_alignment téléchargés à partir du menu de données de Lirbase doivent être placés dans le répertoire HTML sous le répertoire www de Lirbase.

Étape 7: Configurer le serveur Shiny (/etc/shiny-server/shiny-server.conf)

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

Étape 8: Modifiez le propriétaire du répertoire Lirbase

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

Étape 9: Démarrez Shiny-Server

 $ start shiny-server  

Maintenant, l'application Lirbase est disponible sur http: // ipaddressoftheserver: 3838 / lirbase / (Remeber pour remplacer iPaddressoftheServer comme l'adresse IP réelle de votre serveur Linux).