LIRBase

Lirbase

Foram coletados 427 genomas de eucarioto e as repetições invertidas longas (LIR, mais de 800 nt) nesses genomas foram sistematicamente identificados. As seguintes funcionalidades são implementadas em lirbase.

1. Browse LIRS identificado em 427 genomas eucarióticos para as sequências, estruturas de lirs e sobreposições entre lirs e genes.
2. Pesquise lirbase por lirs em um genoma específico por locais genômicos .
3. Pesquise lirbase por lirs em um genoma específico pelos identificadores de lirs.
4. Pesquise lirbase por similaridade de sequência usando explosão .
5. Detecte e anote lirs em sequências de DNA montadas pelo usuário.
6. Alinhe os pequenos dados de sequenciamento de RNA a lirs de um genoma específico para detectar a origem de pequenos RNAs de LIRs e quantificar o nível de expressão de pequenos RNAs e LIRs.
7. Realize análise de expressão diferencial de LIRs ou pequenos RNAs entre diferentes amostras/tecidos biológicos.
8. Identifique os genes codificadores de proteínas direcionados pelos pequenos RNAs derivados de um LIR através da detecção das correspondências complementares entre pequenos RNAs e a sequência de cDNA de genes codificadores de proteínas.
9. Preveja e visualize a estrutura secundária do potencial hPRNA codificado por um LIR usando RNAfold.

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Use Lirbase Online

O Lirbase é implantado em venyao.xyz/lirbase/ para uso on -line.

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Implante Lirbase no servidor local ou web linux

Etapa 1: Instale R

Por favor, verifique Cran (Cran.R-Project.org) para a instalação de R.

Etapa 2: instale o pacote R Shiny e outros pacotes exigidos pela Lirbase

Inicie uma sessão R e execute essas linhas em R:

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

Para mais informações, verifique as seguintes páginas:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
shiny.rstudio.com

Etapa 3: Instale o servidor brilhante

Verifique as seguintes páginas para a instalação do servidor brilhante.
rstudio.com/products/shiny/download-severver/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/buildinghiny-sherver-from-source

Etapa 4: Instale a explosão+

Faça o download e instale o BLAST+ no caminho do seu sistema. Verifique o OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux para a configuração do caminho do sistema no Linux.
Verifique o blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download Para o download e a instalação do BLAST+.

Etapa 5: Instale Bowtie

Faça o download e instale o Bowtie no caminho do seu sistema. Verifique o OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux para a configuração do caminho do sistema no Linux.
Verifique Bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml e github.com/benlangmead/bowtie para o download e instalação da Bowtie.

Etapa 6: Faça o upload de arquivos de origem da lirbase

Coloque o diretório que contém o código e os dados da lirbase para /srv /shiny-server.
Os arquivos do banco de dados BLASTN baixados do menu de dados do Lirbase devem ser colocados no diretório Lirbase_blastdb no diretório www da Lirbase.
Os arquivos de índice Bowtie baixados baixados do menu de dados do Lirbase devem ser colocados no diretório Lirbase_bowtiedb no diretório www da Lirbase.
Os arquivos baixados do Inverted_Repeat_Structure baixados do menu de dados do Lirbase devem ser colocados no diretório da tabela no diretório www da Lirbase.
Os arquivos baixados Inverted_Repeat_Sequence baixados do menu de dados do Lirbase devem ser colocados no diretório FASTA no diretório www da Lirbase.
Os arquivos baixados do IRF_STEM_ALIGNATION baixados do menu de dados do Lirbase devem ser colocados no diretório HTML no diretório www da Lirbase.

Etapa 7: Configurar servidor brilhante (/etc/shiny-server/shiny-server.conf)

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

Etapa 8: Altere o proprietário do diretório lirbase

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

Etapa 9: comece a servidor brilhante

 $ start shiny-server  

Agora, o aplicativo Lirbase está disponível em http: // ipaddressoftheServer: 3838/lirbase/(Remeber para substituir o ipaddressOftheServer como o endereço IP real do seu servidor Linux).