LIRBase

Lirbase

Sebanyak 427 genom eukariota dikumpulkan dan pengulangan panjang terbalik (LIR, lebih dari 800 nt) dalam genom ini diidentifikasi secara sistematis. Fungsionalitas berikut diimplementasikan di Lirbase.

1. Jelajahi LIR yang diidentifikasi dalam 427 genom eukariotik untuk urutan, struktur LIR, dan tumpang tindih antara LIR dan gen.
2. Cari lirbase untuk LIR dalam genom spesifik oleh lokasi genomik .
3. Cari lirbase untuk lirs dalam genom spesifik oleh pengidentifikasi LIRS.
4. Cari lirbase berdasarkan kesamaan urutan menggunakan Blast .
5. Mendeteksi dan membuat anotasi LIR dalam urutan DNA yang diekspload pengguna.
6. Sejajarkan data sekuensing RNA kecil ke LIR dari genom spesifik untuk mendeteksi asal usul RNA kecil dari LIR dan mengukur tingkat ekspresi RNA dan LIR kecil.
7. Lakukan analisis ekspresi diferensial LIR atau RNA kecil antara berbagai sampel/jaringan biologis.
8. Identifikasi gen pengkode protein yang ditargetkan oleh RNA kecil yang berasal dari LIR melalui mendeteksi kecocokan komplementer antara RNA kecil dan urutan cDNA dari gen coding protein.
9. Memprediksi dan memvisualisasikan struktur sekunder HPRNA potensial yang dikodekan oleh LIR menggunakan RNAFOLD.

---

Gunakan lirbase online

Lirbase dikerahkan di venyao.xyz/lirbase/ untuk penggunaan online.

---

Menyebarkan Lirbase di Server Linux Lokal atau Web

Langkah 1: Instal r

Silakan periksa cran (cran.r-project.org) untuk pemasangan R.

Langkah 2: Pasang paket R mengilap dan paket lain yang diperlukan oleh Lirbase

Mulai sesi R dan jalankan baris ini di R:

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

Untuk informasi lebih lanjut, silakan periksa halaman berikut:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
shiny.rstudio.com

Langkah 3: Pasang server berkilau

Silakan periksa halaman-halaman berikut untuk pemasangan server yang berkilau.
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-hiny-server-from-source

Langkah 4: Instal Blast+

Unduh dan instal Blast+ di jalur sistem Anda. Periksa opensource.com/article/17/6/set-path-linux untuk pengaturan jalur sistem di linux.
Silakan periksa blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=BlastDocs&doc_type=Download untuk unduhan dan instalasi Blast+.

Langkah 5: Pasang Bowtie

Unduh dan instal Bowtie di jalur sistem Anda. Periksa opensource.com/article/17/6/set-path-linux untuk pengaturan jalur sistem di linux.
Silakan periksa bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml dan github.com/benlangmead/bowtie untuk pengunduhan dan pemasangan Bowtie.

Langkah 6: Unggah file sumber lirbase

Letakkan direktori yang berisi kode dan data lirbase ke /srv /shiny-server.
File basis data Blastn yang diunduh dari menu data LIRBASE harus ditempatkan di direktori LIRBASE_BLASTDB di bawah direktori WWW LIRBASE.
File Bowtie Index yang diunduh yang diunduh dari menu data LIRBASE harus ditempatkan di direktori LIRBASE_BOWTIEDB di bawah Direktori WWW LIRBASE.
File inverted_repeat_struktur yang diunduh yang diunduh dari menu data LIRBASE harus ditempatkan di direktori Table di bawah direktori lirbase www .
File Inverted_Repeat_Sequence yang diunduh yang diunduh dari menu data LIRBASE harus ditempatkan di direktori FASTA di bawah direktori WWW LIRBASE.
File IRF_stem_alignment yang diunduh yang diunduh dari menu data LIRBASE harus ditempatkan di direktori HTML di bawah direktori WWW LIRBASE.

Langkah 7: Konfigurasikan Server Kilau (/etc/shiny-server/shiny-server.conf)

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

Langkah 8: Ubah Pemilik Direktori Lirbase

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

Langkah 9: Mulailah server berkilau

 $ start shiny-server  

Sekarang, aplikasi Lirbase tersedia di http: // ipaddressoftheserver: 3838/lirbase/(remeber untuk menggantikan ipaddressoftheser sebagai alamat IP aktual server linux Anda).