LIRBase
1.0.0
合計427個の真核生物ゲノムが収集され、これらのゲノムの長い逆逆繰り返し（LIR、800 ntを超える）が体系的に識別されました。次の機能はlirbaseに実装されています。
- 427の真核生物ゲノムで特定されたLIRSは、LIRと遺伝子の間の配列、LIRの構造、および重複について同定されました。
- ゲノムの位置による特定のゲノムでLIRを検索します。
- LIRSの識別子による特定のゲノムでLIRBaseを検索します。
- Blastを使用したシーケンス類似性でlirbaseを検索します。
- ユーザーが使用したDNA配列でLIRを検出して注釈を付けます。
- 小さなRNAシーケンスデータを特定のゲノムのLIRに並べて、 LIRからの小さなRNAの発生を検出し、小さなRNAとLIRの発現レベルを定量化します。
- 異なる生物学的サンプル/組織間のLIRまたは小さなRNAの差別的発現分析を実行します。
- 小さなRNAとタンパク質コーディング遺伝子のcDNA配列との相補的一致を検出することにより、LIRに由来する小さなRNAによって標的とされたタンパク質コーディング遺伝子を特定します。
- RNAFOLDを使用してLIRによってコードされる潜在的なHPlNAの二次構造を予測および視覚化します。
Lirbaseは、オンラインで使用するためにvenyao.xyz/lirbase/に展開されます。
ステップ1：rをインストールします
Rのインストールについては、Cran（cran.r-project.org）を確認してください
ステップ2：lirbaseが必要とするRシャイニーパッケージとその他のパッケージをインストールする
Rセッションを開始し、これらの行をRで実行します。
# try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")
# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)
詳細については、次のページを確認してください。
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
shiny.rstudio.com
ステップ3：Shiny-Serverをインストールします
Shiny-Serverのインストールについては、次のページを確認してください。
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shily-server-from-source
ステップ4：Blast+をインストールします
システムパスにBlast+をダウンロードしてインストールします。 Linuxのシステムパスの設定については、OpenSource.com/article/17/6/set-path-linuxを確認してください。
blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download blast+のダウンロードとインストールを確認してください。
ステップ5：Bowtieをインストールします
システムパスにBowtieをダウンロードしてインストールします。 Linuxのシステムパスの設定については、OpenSource.com/article/17/6/set-path-linuxを確認してください。
Bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml and github.com/benlangmead/bowtieを確認してください。
ステップ6：lirbaseのソースファイルをアップロードします
lirbaseのコードとデータを含むディレクトリを /srv /shiny-serverに配置します。
lirbaseのデータメニューからダウンロードされたBLASTNデータベースファイルは、lirbaseのwwwディレクトリの下のlirbase_blastdbディレクトリに配置する必要があります。
LirbaseのデータメニューからダウンロードされたダウンロードされたBowtieインデックスファイルは、lirbaseのwwwディレクトリの下のlirbase_bowtiedbディレクトリに配置する必要があります。
lirbaseのデータメニューからダウンロードされたダウンロードされたinverted_repeat_structureファイルは、lirbaseのwwwディレクトリの下のテーブルディレクトリに配置する必要があります。
lirbaseのデータメニューからダウンロードされたダウンロードされたinverted_repeat_ sequenceファイルは、lirbaseのwwwディレクトリの下のFastaディレクトリに配置する必要があります。
LirbaseのデータメニューからダウンロードされたダウンロードされたIRF_STEM_ALIGNMENTファイルは、lirbaseのwwwディレクトリの下のHTMLディレクトリに配置する必要があります。
ステップ7：shiny server（/etc/shiny-server/shiny-server.confを構成する）
# Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;
# Define a top-level server which will listen on a port
server {
# Use port 3838
listen 3838;
# Define the location available at the base URL
location /lirbase {
# Directory containing the code and data of LIRBase
app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;
# Directory to store the log files
log_dir /var/log/shiny-server;
}
}
ステップ8：Lirbaseディレクトリの所有者を変更します
$ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase
ステップ9：シャイニーサーバーを開始します
$ start shiny-server
これで、lirbaseアプリはhttp：// ipaddressoftheserver：3838/lirbase/（Linuxサーバーの実際のIPアドレスとしてiPaddressOfTheServerを置き換えるために）で入手できます。
