LIRBase

Лирбаза

В общей сложности 427 геномов эукариота были собраны, и в этих геномах были систематически идентифицированы длинные перевернутые повторения (LIR, более 800 нт) . Следующие функции реализованы в лирбазе.

1. Просматривают LIR, идентифицированные в 427 эукариотических геномах для последовательностей, структур LIR и перекрытий между LIR и генами.
2. Поиск лирбазы для LIRS в специфическом геноме с помощью геномных расположений .
3. Поиск лирбазы для LIRS в определенном геноме с помощью идентификаторов LIRS.
4. Поиск лирбазы по сходству последовательностей с помощью взрыва .
5. Обнаружение и аннотирование LIR в последовательностях ДНК, загруженных пользователем.
6. Совместите данные о секвенировании небольших РНК с LIRS специфического генома, чтобы обнаружить происхождение небольших РНК из LIRS и количественно оценить уровень экспрессии малых РНК и LIR.
7. Выполните дифференциальный анализ экспрессии LIR или небольших РНК между различными биологическими образцами/тканями.
8. Идентифицируйте гены, кодирующие белок, нацеленные на небольшие РНК, полученные из LIR, путем обнаружения комплементарных совпадений между небольшими РНК и последовательности кДНК генов, кодирующих белок.
9. Прогнозируйте и визуализируйте вторичную структуру потенциальной HPRNA, кодируемой LIR с использованием RNAFOLD.

---

Используйте Lirbase Online

Lirbase развернута в Venyao.xyz/lirbase/ для онлайн -использования.

---

Развернуть Lirbase на локальном или веб -сервере Linux

Шаг 1: Установите R

Пожалуйста, проверьте Cran (cran.r-project.org) для установки R.

Шаг 2: Установите пакет R Shiny и другие пакеты, необходимые Lirbase

Запустите сеанс R и запустите эти линии в R:

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

Для получения дополнительной информации, пожалуйста, проверьте следующие страницы:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
Shiny.rstudio.com

Шаг 3: Установите блестящий сервер

Пожалуйста, проверьте следующие страницы для установки Shiny-Server.
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

Шаг 4: Установите взрыв+

Загрузите и установите Blast+ на вашем системном пути. Проверьте opensource.com/article/17/6/set-path-linux для настройки системы системы в Linux.
Пожалуйста, проверьте blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download для загрузки и установки Blast+.

Шаг 5: Установите Bowtie

Загрузите и установите Bowtie на свой системный путь. Проверьте opensource.com/article/17/6/set-path-linux для настройки системы системы в Linux.
Пожалуйста, проверьте bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml и github.com/benlangmead/bowtie для загрузки и установки Bowtie.

Шаг 6: Загрузите исходные файлы lirbase

Поместите каталог, содержащий код и данные Lirbase в /SRV /Shiny-Server.
Файлы базы данных BLASTN, загруженные из меню данных Lirbase, должны быть размещены в каталоге Lirbase_blastdb в каталоге www Lirbase.
Загруженные файлы индекса Bowtie, загруженные из меню данных Lirbase, должны быть размещены в каталоге lirbase_bowtiedb в каталоге www Lirbase.
Загруженные файлы inverted_repeat_structure , загруженные из меню данных Lirbase, должны быть размещены в каталоге таблицы в каталоге www Lirbase.
Загруженные файлы inverted_repeat_sequence, загруженные из меню данных Lirbase, должны быть размещены в каталоге FASTA в рамках каталога www Lirbase.
Загруженные файлы IRF_STEM_ALIGNMENT , загруженные в меню данных LIRBASE, должны быть размещены в каталоге HTML в рамках каталога Lirbase WWW .

Шаг 7: Настройте блестящий сервер (/etc/shiny-server/shiny-server.conf)

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

Шаг 8: Измените владельца каталога Lirbase

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

Шаг 9: Начните блестящий сервер

 $ start shiny-server  

Теперь приложение Lirbase доступно по адресу http: // ipaddressoftheserver: 3838/lirbase/(Remeber, чтобы заменить ipaddressoftheserver как фактический IP -адрес вашего сервера Linux).