LIRBase

lirbase

在這些基因組中，總共收集了427個真核生物基因組，並系統鑑定出長期倒反轉重複序列（LIR，超過800 nt） 。以下功能在LIRBASE中實現。

1. 瀏覽LIR在427個真核基因組中鑑定出的序列，LIR的結構以及LIR和基因之間的重疊。
2. 通過基因組位置搜索特定基因組中的LIRB 。
3. 通過LIRS的標識符在特定基因組中搜索LIRBASE 。
4. 使用BLAST通過序列相似性搜索lirbase。
5. 檢測和註釋用戶剝離的DNA序列中的LIR 。
6. 將小的RN​​A測序數據與特定基因組的LIR相一致，以檢測LIRS的小RNA的起源並量化小RNA和LIR的表達水平。
7. 對不同生物樣品/組織之間的LIR或小RNA進行差異表達分析。
8. 通過檢測小RNA和蛋白質編碼基因的cDNA序列之間的互補匹配，鑑定由LIR衍生的小RNA靶向的蛋白質編碼基因。
9. 預測並可視化使用RNA Fold通過LIR編碼的潛在HPRNA的二級結構。

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在線使用lirbase

Lirbase部署在venyao.xyz/lirbase/供在線使用。

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在本地或Web Linux服務器上部署lirbase

步驟1：安裝R

請檢查cran（cran.r-project.org）以安裝R。

步驟2：安裝lirbase所需的r閃亮軟件包和其他包裝

啟動R會話並在R中運行這些行：

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

有關更多信息，請檢查以下頁面：
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
shiny.rstudio.com

步驟3：安裝Shiny-Server

請檢查以下頁面以安裝Shiny-Server。
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

步驟4：安裝BLAST+

在系統路徑上下載並安裝BLAST+。檢查opensource.com/article/17/6/set-path-linux，以在Linux中設置系統路徑。
請檢查bast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type = blastDocs&doc_type=下載load下載和安裝Blast+。

步驟5：安裝Bowtie

在系統路徑上下載並安裝Bowtie。檢查opensource.com/article/17/6/set-path-linux，以在Linux中設置系統路徑。
請檢查bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml和github.com/benlangmead/bowtie，以便下載和安裝Bowtie。

步驟6：上傳lirbase的源文件

將包含LIRBASE代碼和數據的目錄放入 /srv /shiny-server。
從LIRBASE的數據菜單下載的BLASTN數據庫文件應放置在LIRBASE的www目錄下的LIRBASE_BLASTDB目錄中。
從LIRBASE的數據菜單下載的下載的Bowtie索引文件應放置在LIRBASE的www目錄下的Lirbase_bowtiedb目錄中。
從lirbase的數據菜單下載的下載的inverted_repeat_tructure文件應放在LIRBASE的www目錄下的表目錄中。
從lirbase的數據菜單下載的下載的inverted_repeat_sequence文件應放置在lirbase的www目錄下的fasta目錄中。
從LIRBASE的數據菜單下載的下載的IRF_STEM_ALIGNMENT文件應放置在LIRBASE的www目錄下的HTML目錄中。

步驟7：配置Shiny Server（/etc/shiny-server/shiny-server.conf）

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

步驟8：更改Lirbase目錄的所有者

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

步驟9：啟動Shiny-Server

 $ start shiny-server  

現在，LIRBASE應用可在http：// ipaddressoftheserver上獲得：3838/lirbase/（Remeber替換ipaddressoftheserver作為Linux Server的實際IP地址）。