LIRBase
1.0.0
총 427 개의 진핵 생리 게놈이 수집되었고, 이들 게놈에서 긴 역 반복 (LIR, 800 nt 이상) 이 체계적으로 확인되었다. 다음 기능은 리바스에서 구현됩니다.
- 서열, lirs의 구조 및 lirs와 유전자 사이의 중첩에 대해 427 진 진핵 생물 게놈에서 확인 된 LIR을 찾아보십시오 .
- 게놈 위치 별 특정 게놈에서 lirbase 를 검색하십시오 .
- LIRS의 식별자에 의한 특정 게놈에서 lirs 에 대한 lirbase를 검색하십시오 .
- Blast를 사용하여 서열 유사성으로 Lirbase를 검색하십시오.
- 사용자가 지원 된 DNA 서열에서 LIRS를 감지하고 주석을 달다 .
- 작은 RNA 시퀀싱 데이터를 특정 게놈의 LIRS에 정렬하여 LIRS로부터 작은 RNA의 기원을 검출하고 작은 RNA 및 LIRS의 발현 수준을 정량화한다.
- 상이한 생물학적 샘플/조직 사이의 LIRS 또는 작은 RNA의 미분 발현 분석을 수행한다.
- 작은 RNA와 단백질 코딩 유전자의 cDNA 서열 사이의 상보 적 일치를 검출함으로써 LIR로부터 유래 된 작은 RNA에 의해 표적화 된 단백질 코딩 유전자를 확인한다 .
- RNA 폴드를 사용하여 LIR에 의해 인코딩 된 잠재적 hPRNA의 2 차 구조를 예측하고 시각화한다.
Lirbase는 온라인 사용을 위해 Venyao.xyz/lirbase/에 배포됩니다.
1 단계 : r을 설치합니다
R의 설치는 Cran (cran.r-project.org)을 확인하십시오.
2 단계 : irbase가 요구하는 R 반짝이는 패키지 및 기타 패키지 설치
R 세션을 시작 하고이 줄을 r로 실행하십시오.
# try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")
# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)
자세한 내용은 다음 페이지를 확인하십시오.
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
Shiny.rstudio.com
3 단계 : 반짝이는 서버를 설치하십시오
Shiny-Server 설치는 다음 페이지를 확인하십시오.
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source
4 단계 : Blast+를 설치하십시오
시스템 경로에서 Blast+를 다운로드하여 설치하십시오. Linux의 시스템 경로 설정에 대해서는 OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux를 확인하십시오.
blast+의 다운로드 및 설치를 위해 blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download를 확인하십시오.
5 단계 : Bowtie를 설치하십시오
시스템 경로에서 Bowtie를 다운로드하여 설치하십시오. Linux의 시스템 경로 설정에 대해서는 OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux를 확인하십시오.
Bowtie의 다운로드 및 설치는 Bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml 및 github.com/benlangmead/bowtie를 확인하십시오.
6 단계 : LIRBASE의 소스 파일을 업로드합니다
LIRBASE의 코드 및 데이터가 포함 된 디렉토리를 /SRV /Shiny-Server에 넣습니다.
Lirbase의 데이터 메뉴 에서 다운로드 한 Blastn 데이터베이스 파일은 Lirbase의 www 디렉토리 아래 Lirbase_blastdb 디렉토리에 배치해야합니다.
Lirbase의 데이터 메뉴 에서 다운로드 한 다운로드 된 Bowtie Index 파일은 Lirbase의 www 디렉토리 아래 Lirbase_bowtiedb 디렉토리에 배치해야합니다.
lirbase의 데이터 메뉴 에서 다운로드 한 다운로드 된 inverted_repeat_structure 파일은 Lirbase의 www 디렉토리 아래 테이블 디렉토리에 배치해야합니다.
lirbase의 데이터 메뉴 에서 다운로드 한 다운로드 된 inverted_repeat_sequence 파일은 Lirbase의 www 디렉토리 아래 Fasta 디렉토리에 배치해야합니다.
LIRBASE의 데이터 메뉴 에서 다운로드 한 다운로드 된 IRF_STEM_ALIGNMENT 파일은 LIRBase의 www 디렉토리 아래 HTML 디렉토리에 배치해야합니다.
7 단계 : 반짝이는 서버 구성 (/etc/shiny-server/shiny-server.conf)
# Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;
# Define a top-level server which will listen on a port
server {
# Use port 3838
listen 3838;
# Define the location available at the base URL
location /lirbase {
# Directory containing the code and data of LIRBase
app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;
# Directory to store the log files
log_dir /var/log/shiny-server;
}
}
8 단계 : Lirbase 디렉토리의 소유자를 변경하십시오
$ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase
9 단계 : Shiny-Server를 시작하십시오
$ start shiny-server
이제 Lirbase 앱은 http : // ipaddressoftheserver : 3838/lirbase/(iPaddressoftheserver를 Linux 서버의 실제 IP 주소로 대체하기위한 Remeber)에서 제공됩니다.
