LIRBase

Lirbase

Insgesamt wurden 427 Eukaryote -Genome gesammelt und die langen invertierten Wiederholungen (LIR, länger als 800 nt) in diesen Genomen systematisch identifiziert. Die folgenden Funktionen werden in Lirbase implementiert.

1. Die in 427 eukaryotischen Genomen identifizierten LIRs für die Sequenzen, Strukturen von LIRs und die Überlappungen zwischen LIRs und Genen.
2. Suchen Sie Lirbase nach LIRs in einem spezifischen Genom nach genomischen Stellen .
3. Suchen Sie nach Lirbase nach LIRs in einem bestimmten Genom nach den Identifikatoren von LIRs.
4. Suchen Sie Lirbase nach Sequenzähnlichkeit mit BLAST .
5. Erkenne und kommentiere LIRs in benutzerdeplallappierten DNA-Sequenzen.
6. Richten Sie kleine RNA -Sequenzierungsdaten an LIRs eines spezifischen Genoms aus, um die Entstehung kleiner RNAs aus LIRs nachzuweisen und das Expressionsniveau kleiner RNAs und LIRs zu quantifizieren.
7. Führen Sie eine unterschiedliche Expressionsanalyse von LIRs oder kleinen RNAs zwischen verschiedenen biologischen Proben/Geweben durch.
8. Identifizieren Sie Protein-kodierende Gene, die von den kleinen RNAs abzielen, die von einem LIR abgeleitet wurden, indem die komplementären Übereinstimmungen zwischen kleinen RNAs und der cDNA-Sequenz von proteinkodierenden Genen nachgewiesen werden.
9. Vorhersagen und visualisieren Sie die sekundäre Struktur potenzieller hPRNA, die von einem LIR unter Verwendung von RNAFold codiert werden .

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Verwenden Sie Lirbase online

Lirbase ist für die Online -Verwendung unter venyao.xyz/lirbase/ eingesetzt.

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Stellen Sie Lirbase auf lokalem oder Web Linux -Server ein

Schritt 1: Installieren Sie r

Bitte überprüfen Sie Cran (cran.r-project.org) auf die Installation von R.

Schritt 2: Installieren Sie das von Lirbase benötigte R -Shiny -Paket und andere Pakete

Starten Sie eine R -Sitzung und führen Sie diese Zeilen in R: Führen Sie aus:

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

Weitere Informationen finden Sie in den folgenden Seiten:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
Shiny.rstudio.com

Schritt 3: Installieren Sie Shiny-Server

Bitte überprüfen Sie die folgenden Seiten für die Installation von Shiny-Server.
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

Schritt 4: BLAST+ installieren

Laden Sie BLAST+ auf Ihrem Systempfad herunter und installieren Sie es. Überprüfen Sie OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux für die Einstellung des Systempfads unter Linux.
Bitte überprüfen Sie blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download zum Download und Installation von Blast+.

Schritt 5: Bowtie installieren

Laden Sie Bowtie auf Ihrem Systempfad herunter und installieren Sie ihn. Überprüfen Sie OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux für die Einstellung des Systempfads unter Linux.
Bitte überprüfen Sie bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml und github.com/benlangmead/bowtie zum Download und Installation von Bowtie.

Schritt 6: Quelldateien von Lirbase hochladen

Setzen Sie das Verzeichnis mit dem Code und den Daten von Lirbase an /srv /Shiny-Server ein.
Die aus dem Datenmenü von Lirbase heruntergeladenen BLASTN -Datenbankdateien sollten im Verzeichnis lirbase_blastdb unter dem WWW -Verzeichnis von Lirbase platziert werden.
Die heruntergeladenen Bowtie -Indexdateien, die aus dem Datenmenü von Lirbase heruntergeladen wurden, sollten im Verzeichnis lirbase_Bowtiedb unter dem WWW -Verzeichnis von Lirbase platziert werden.
Die heruntergeladenen Dateien inverted_repeat_structure , die aus dem Datenmenü von Lirbase heruntergeladen wurden, sollte im Tabellenverzeichnis unter dem WWW -Verzeichnis von Lirbase platziert werden.
Die heruntergeladenen Dateien inverted_repeat_sequence , die aus dem Datenmenü von Lirbase heruntergeladen wurden, sollte im Fasta -Verzeichnis unter dem WWW -Verzeichnis von Lirbase platziert werden.
Die heruntergeladenen Dateien IRF_STEM_Alignment , die aus dem Datenmenü von Lirbase heruntergeladen wurden, sollte im HTML -Verzeichnis unter dem WWW -Verzeichnis von Lirbase platziert werden.

Schritt 7: Konfigurieren Sie Shiny Server (/etc/shiny-server/hiny-server.conf)

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

Schritt 8: Ändern Sie den Eigentümer des Lirbase -Verzeichnisses

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

Schritt 9: Shiny-Server starten

 $ start shiny-server  

Jetzt ist die Lirbase -App unter http: // ipaddressoftheServer: 3838/lirbase/(Remeber, um iPaddressOftheserver als die tatsächliche IP -Adresse Ihres Linux -Servers zu ersetzen) verfügbar.