LIRBase

Lirbase

Se recogieron un total de 427 genomas de eucariota y las repeticiones invertidas largas (LIR, más de 800 nt) en estos genomas se identificaron sistemáticamente. Las siguientes funcionalidades se implementan en lirbase.

1. Explore los LIR identificados en 427 genomas eucariotas para las secuencias, estructuras de LIR y las superposiciones entre LIR y genes.
2. Busque lirbase para lirs en un genoma específico por ubicaciones genómicas .
3. Busque lirbase para lirs en un genoma específico por los identificadores de lirs.
4. Busque lirbase por similitud de secuencia usando BLAST .
5. Detectar y anotar LIRS en secuencias de ADN apoyadas por el usuario.
6. Alinee los pequeños datos de secuenciación de ARN a LIR de un genoma específico para detectar el origen de pequeños ARN a partir de LIR y cuantificar el nivel de expresión de pequeños ARN y LIR.
7. Realice un análisis de expresión diferencial de LIR o ARN pequeños entre diferentes muestras/tejidos biológicos.
8. Identificar genes que codifican proteínas dirigidos por los pequeños ARN derivados de un LIR mediante la detección de las coincidencias complementarias entre los ARN pequeños y la secuencia de ADNc de genes codificadores de proteínas.
9. Predecir y visualizar la estructura secundaria de HPRNA potencial codificada por un LIR usando ARNfold.

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Use lirbase en línea

Lirbase se implementa en venyao.xyz/lirbase/ para uso en línea.

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Implementar lirbase en el servidor local o web de Linux

Paso 1: instalar R

Consulte Cran (cran.r-project.org) para la instalación de R.

Paso 2: Instale el paquete R brillante y otros paquetes requeridos por Lirbase

Comience una sesión R y ejecute estas líneas en R:

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

Para obtener más información, consulte las siguientes páginas:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
Shiny.rstudio.com

Paso 3: Instale el servidor brillante

Consulte las siguientes páginas para la instalación de Shiny-Server.
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

Paso 4: Instalar explosión+

Descargue e instale BLAST+ en la ruta de su sistema. Verifique OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux para la configuración de la ruta del sistema en Linux.
Consulte explosión explosión.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download para la descarga e instalación de Blast+.

Paso 5: Instale Bowtie

Descargue e instale Bowtie en su ruta del sistema. Verifique OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux para la configuración de la ruta del sistema en Linux.
Consulte bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml y github.com/benlangmead/bowtie para la descarga e instalación de Bowtie.

Paso 6: Cargar archivos fuente de Lirbase

Coloque el directorio que contiene el código y los datos de Lirbase a /SRV /Shiny-Server.
Los archivos de base de datos BLASTN descargados desde el menú de datos de LIRBase deben colocarse en el directorio lirbase_blastdb en el directorio www de lirbase.
Los archivos de índice Bowtie descargados descargados desde el menú de datos de Lirbase deben colocarse en el directorio lirbase_bowtiedb en el directorio www de lirbase.
Los archivos descargados de inverted_repeat_structure descargados desde el menú de datos de Lirbase deben colocarse en el directorio de tabla en el directorio www de lirbase.
Los archivos descargados inverted_repeat_sequence descargados del menú de datos de Lirbase deben colocarse en el directorio FASTA en el directorio www de lirbase.
Los archivos descargados de IRF_STEM_Alignment descargados desde el menú de datos de LIRBase deben colocarse en el directorio HTML en el directorio www de LIRBase.

Paso 7: Configurar el servidor brillante (/etc/shiny-server/shiny-server.conf)

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}  

Paso 8: Cambie al propietario del directorio Lirbase

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase  

Paso 9: Comience a servir brillante

 $ start shiny-server  

Ahora, la aplicación LIRBase está disponible en http: // ipaddressOfTheServer: 3838/lirbase/(Remeber para reemplazar iPaddressOfTheServer como la dirección IP real de su servidor Linux).