الصفحة الرئيسية>موارد بناء الموقع>بيانات الموقع
تنزيل

lirbase

تم جمع ما مجموعه 427 جينوم حقيقيات النواة وتم تحديد التكرار المقلوب الطويل (LIR ، أطول من 800 nt) في هذه الجينومات بشكل منهجي. يتم تنفيذ الوظائف التالية في lirbase.

  1. تصفح LIRs المحددة في 427 جينومات حقيقية النواة لتسلسل ، هياكل LIRs ، والتداخل بين LIRs والجينات.
  2. ابحث عن lirbase عن LIRS في جينوم معين بواسطة المواقع الجينية .
  3. ابحث عن lirbase عن LIRS في جينوم معين بواسطة معرفات LIRs.
  4. البحث lirbase عن طريق تشابه التسلسل باستخدام الانفجار .
  5. الكشف عن وتوضيح LIRs في تسلسل الحمض النووي المحملة للمستخدم.
  6. قم بمحاذاة بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي الصغيرة إلى LIRs من جينوم معين للكشف عن نشأة RNAs الصغيرة من LIRs وتحديد مستوى التعبير عن RNAs الصغيرة و LIRs.
  7. إجراء تحليل التعبير التفاضلي لـ LIRs أو الحمض النووي الريبي الصغير بين العينات/الأنسجة البيولوجية المختلفة.
  8. حدد جينات ترميز البروتين التي تستهدفها الحمض النووي الريبي الصغيرة المستمدة من LIR من خلال اكتشاف المباريات التكميلية بين RNAs الصغيرة وتسلسل [كدنا] لجينات ترميز البروتين.
  9. توقع وتصور الهيكل الثانوي لـ HPRNA المحتملة المشفرة بواسطة LIR باستخدام RNAfold.

استخدم lirbase على الإنترنت

تم نشر Lirbase على Venyao.xyz/lirbase/ للاستخدام عبر الإنترنت.

نشر lirbase على خادم Linux المحلي أو الويب

الخطوة 1: تثبيت ص

يرجى التحقق من Cran (Cran.R-Project.org) لتركيب R.

الخطوة 2: قم بتثبيت حزمة R اللامعة والحزم الأخرى المطلوبة بواسطة Lirbase

ابدأ جلسة R وقم بتشغيل هذه الخطوط في R: 

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

لمزيد من المعلومات ، يرجى التحقق من الصفحات التالية:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
Shiny.Rstudio.com

الخطوة 3: تثبيت خادم لامع

يرجى التحقق من الصفحات التالية لتركيب خادم لامع.
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

الخطوة 4: تثبيت Blast+

قم بتنزيل وتثبيت Blast+ على مسار النظام الخاص بك. تحقق من OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux لإعداد مسار النظام في Linux.
يرجى التحقق من blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi؟page_type=blastdocs&doc_type=download لتنزيل وتثبيت Blast+.

الخطوة 5: تثبيت Bowtie

قم بتنزيل وتثبيت Bowtie على مسار النظام الخاص بك. تحقق من OpenSource.com/article/17/6/set-path-linux لإعداد مسار النظام في Linux.
يرجى التحقق من bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml و github.com/benlangmead/bowtie لتنزيل وتثبيت Bowtie.

الخطوة 6: تحميل ملفات المصدر من Lirbase

ضع الدليل الذي يحتوي على رمز وبيانات LIRBase إلى /SRV /Serny-Server.
يجب وضع ملفات قاعدة بيانات BLASTN التي تم تنزيلها من قائمة بيانات LIRBASE في دليل LIRBASE_BLASTDB ضمن دليل www في LIRBASE.
يجب وضع ملفات فهرس Bowtie التي تم تنزيلها من قائمة بيانات LIRBase في دليل LIRBASE_BOWTIEDB ضمن دليل www في LIRBASE.
يجب وضع ملفات inverted_repeat_structure التي تم تنزيلها من قائمة بيانات LIRBase في دليل الجدول ضمن دليل www في LIRBASE.
يجب وضع ملفات inverted_repeat_sequence التي تم تنزيلها من قائمة بيانات LIRBase في دليل FARTA ضمن دليل www في LIRBASE.
يجب وضع ملفات irf_stem_alignment التي تم تنزيلها من قائمة بيانات LIRBase في دليل HTML ضمن دليل www في LIRBase.

الخطوة 7: تكوين خادم لامع (/etc/shiny-server/shiny-server.conf) 

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}

الخطوة 8: تغيير صاحب دليل Lirbase 

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase

الخطوة 9: ابدأ خادمًا لامعًا 

 $ start shiny-server

الآن ، يتوفر تطبيق LIRBase على http: // ipaddressoftheServer: 3838/lirbase/(Remeber لاستبدال ipaddressoftherver كعنوان IP الفعلي لخادم Linux الخاص بك).

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل