หน้าแรก>แหล่งข้อมูลการสร้างเว็บไซต์>ข้อมูลเว็บไซต์
ดาวน์โหลด

lirbase

มีการรวบรวมจีโนมยูคาริโอตทั้งหมด 427 ตัวและ มีการทำซ้ำแบบกลับด้านยาว (LIR นานกว่า 800 nt) ในจีโนมเหล่านี้ถูกระบุอย่างเป็นระบบ ฟังก์ชันต่อไปนี้จะถูกนำไปใช้ใน Lirbase

  1. เรียกดู LIRs ที่ระบุใน 427 จีโนมยูคาริโอต สำหรับลำดับโครงสร้างของ LIRs และการทับซ้อนระหว่าง LIR และยีน
  2. ค้นหา lirbase สำหรับ lirs ในจีโนมเฉพาะ โดยตำแหน่งจีโนม
  3. ค้นหา lirbase สำหรับ lirs ในจีโนมเฉพาะ โดยตัวระบุ ของ lirs
  4. ค้นหา lirbase ตามลำดับความคล้ายคลึงกันโดยใช้ BLAST
  5. ตรวจจับและใส่คำอธิบายประกอบ ในลำดับดีเอ็นเอที่ผู้ใช้อัปโหลด
  6. จัดลำดับข้อมูลการเรียงลำดับ RNA ขนาดเล็กให้เป็น LIR ของจีโนมเฉพาะเพื่อตรวจจับการกำเนิดของ RNA ขนาดเล็กจาก LIRs และหาปริมาณระดับการแสดงออกของ RNA และ LIR ขนาดเล็ก
  7. ทำการ วิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกันของ LIR หรือ RNA ขนาดเล็ก ระหว่างตัวอย่าง/เนื้อเยื่อทางชีวภาพที่แตกต่างกัน
  8. ระบุยีนเข้ารหัสโปรตีนที่กำหนดเป้าหมายโดย RNA ขนาดเล็กที่ได้มาจาก LIR ผ่านการตรวจจับการจับคู่ที่สมบูรณ์ระหว่าง RNA ขนาดเล็กและลำดับ cDNA ของยีนเข้ารหัสโปรตีน
  9. ทำนายและมองเห็น โครงสร้างรองของ hpRNA ที่มีศักยภาพที่เข้ารหัสโดย LIR โดยใช้ RNAFold

ใช้ lirbase ออนไลน์

Lirbase ถูกนำไปใช้ที่ venyao.xyz/lirbase/ สำหรับการใช้งานออนไลน์

ปรับใช้ lirbase บนเซิร์ฟเวอร์ Local หรือ Web Linux

ขั้นตอนที่ 1: ติดตั้ง R

โปรดตรวจสอบ CRAN (cran.r-project.org) สำหรับการติดตั้ง R.

ขั้นตอนที่ 2: ติดตั้งแพ็คเกจ R Shiny และแพ็คเกจอื่น ๆ ที่ Lirbase ต้องการ

เริ่มเซสชัน R และเรียกใช้บรรทัดเหล่านี้ใน R: 

 # try an http CRAN mirror if https CRAN mirror doesn't work  
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("htmlwidgets")
install.packages("pheatmap")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("shiny")
install.packages("shinyBS")
install.packages("shinycssloaders")
install.packages("shinydashboard")
install.packages("shinydisconnect")
install.packages("shinyjqui")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("XML")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("apeglm")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("GenomicRanges")

# install shinysky
install.packages("devtools")
devtools::install_github("venyao/ShinySky", force=TRUE)

สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมโปรดตรวจสอบหน้าต่อไปนี้:
cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
github.com/rstudio/shiny
Shiny.rstudio.com

ขั้นตอนที่ 3: ติดตั้งเซิร์ฟเวอร์เงางาม

โปรดตรวจสอบหน้าต่อไปนี้สำหรับการติดตั้งเซิร์ฟเวอร์เงางาม
rstudio.com/products/shiny/download-server/
github.com/rstudio/shiny-server/wiki/building-shiny-server-from-source

ขั้นตอนที่ 4: ติดตั้ง Blast+

ดาวน์โหลดและติดตั้ง Blast+ บนเส้นทางระบบของคุณ ตรวจสอบ opensource.com/article/17/6/set-path-linux สำหรับการตั้งค่าเส้นทางระบบใน Linux
โปรดตรวจสอบ blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?page_type=blastdocs&doc_type=download สำหรับการดาวน์โหลดและการติดตั้ง BLAST+

ขั้นตอนที่ 5: ติดตั้ง Bowtie

ดาวน์โหลดและติดตั้ง Bowtie บนเส้นทางระบบของคุณ ตรวจสอบ opensource.com/article/17/6/set-path-linux สำหรับการตั้งค่าเส้นทางระบบใน Linux
โปรดตรวจสอบ bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml และ github.com/benlangmead/bowtie สำหรับการดาวน์โหลดและติดตั้ง Bowtie

ขั้นตอนที่ 6: อัปโหลดไฟล์ต้นฉบับของ Lirbase

ใส่ไดเรกทอรีที่มีรหัสและข้อมูลของ Lirbase to /srv /shiny-server
ไฟล์ฐานข้อมูล Blastn ที่ดาวน์โหลดจาก เมนูข้อมูลของ Lirbase ควรวางไว้ในไดเรกทอรี LirBase_BlastDB ภายใต้ไดเรกทอรี WWW ของ Lirbase
ควรวางไฟล์ดัชนี Bowtie ที่ดาวน์โหลดจาก เมนูข้อมูลของ Lirbase ในไดเรกทอรี Lirbase_BowtiedB ภายใต้ไดเรกทอรี WWW ของ Lirbase
ไฟล์ inverted_repeat_structure ที่ดาวน์โหลดจาก เมนูข้อมูลของ Lirbase ควรวางไว้ในไดเรกทอรี ตาราง ภายใต้ไดเรกทอรี WWW ของ Lirbase
ไฟล์ inverted_repeat_equence ที่ดาวน์โหลดจาก เมนูข้อมูลของ Lirbase ควรวางไว้ในไดเรกทอรี FASTA ภายใต้ไดเรกทอรี WWW ของ Lirbase
ไฟล์ IRF_STEM_ALIGNMENT ที่ดาวน์โหลดจาก เมนูข้อมูลของ LirBase ควรวางไว้ในไดเรกทอรี HTML ภายใต้ไดเรกทอรี WWW ของ Lirbase

ขั้นตอนที่ 7: กำหนดค่าเซิร์ฟเวอร์เงา (/etc/shiny-server/shiny-server.conf) 

 # Define the user to spawn R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {  
  # Use port 3838  
  listen 3838;  
  # Define the location available at the base URL  
  location /lirbase {  
    # Directory containing the code and data of LIRBase  
    app_dir /srv/shiny-server/LIRBase;  
    # Directory to store the log files  
    log_dir /var/log/shiny-server;  
  }  
}

ขั้นตอนที่ 8: เปลี่ยนเจ้าของไดเรกทอรี Lirbase 

 $ chown -R shiny /srv/shiny-server/LIRBase

ขั้นตอนที่ 9: เริ่มเซิร์ฟเวอร์เงางาม 

 $ start shiny-server

ตอนนี้แอพ Lirbase มีให้ที่ http: // ipaddressoftheserver: 3838/lirbase/(remeber เพื่อแทนที่ iPaddressoftheserver เป็นที่อยู่ IP จริงของเซิร์ฟเวอร์ Linux ของคุณ)

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด