NGL查看器是用于分子可视化的Web应用程序。 WebGL用于显示具有多种表示的蛋白质和DNA/RNA等分子。
在行动中看到它：
- Web应用程序
- X射线查看器
- 画廊
- Codepen模板
- 笔标记为NGL
与Python和R集成：
- nglview：jupyter笔记本电脑小部件
- nglviewr r htmlwidget（还有一个示例闪亮应用程序）
文档：
特征
- 分子结构（MMCIF，PDB，PQR，GRO，SDF，MOL2，MMTF）
- 密度体积（MRC/MAP/CCP4，DX/DXBIN，CUBE，BRIX/DSN6，XPLOR/CNS）
- 用户互动（鼠标选择，选择语言，动画，图像导出）
- 坐标轨迹（DCD和PSF，NCTRAJ和PRMTOP，TRR/XTC和TOP，通过MDSRV远程访问）
- 可嵌入（单文件，API）
用法
由于NGL查看器是要在Web浏览器中查看的一组静态文件，因此不需要太多安装。为了开发目的，克隆此存储库并在本地提供服务将很有帮助（见下文）。当将NGL查看器嵌入库时，就足以包括自我包含的build dist/ngl.js。示例目录中可以找到一个完整的Web应用程序。
要安装NPM DO npm install ngl的当前版本。
致谢
没有许多精美的开源项目，这个项目将是不可能的。尤其是Three JS项目为基础提供了良好的基础。
- 三
- NGL依靠三个.js库来接口WebGl
- NGL的GUI基于三个编辑器UI
- sprintf.js-用于格式化文本
- JSFeat-叠加方法的SVD代码来自JSFeat
- ESDOC-用于文档
- vitest-用于单元测试
- Chroma.js-用于颜色处理
- FlexicolorPicker-用于彩色挑选
- 虚拟DOM列表
- 字体很棒 - 图标
- JS信号
- tether.js
- pako- Zlib端口
- 开源Pymol-屏幕对齐的气缸着色器
- VTK二次着色器代码来自Pointsprite插件 - 四边形表面中心计算
- Hythballs -Hythball Stick着色器-Chavent，M.，Vanel，A.，Tek，A.，Levy，B.，Robert，S.，Raffin，B。，＆Baaden，M。（2011）。 GPU加速原子和动态键可视化使用炙手可热的原子：统一的球，棍棒和倍曲面算法。 《计算化学杂志》，第32（13）卷，第2924-35页。 doi：10.1002/jcc.21861
- Mol* - for parsing CIF and binaryCIF files - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley, Jaroslav Koča, Alexander S Rose: Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures,核酸研究，2021。DOI：10.1093/nar/gkab31。
资金来源：
- RCSB PDB资助赠款[DBI-1338415; PI：SK Burley]来自NSF，NIH和美国Doe
- NCI/NIH奖励号U01 CA198942
- DFG Projekt HI 1502
引用
使用NGL时，请引用：
- 作为Rose，Ar Bradley，Y Valasatava，JM Duarte，APrlić和PW Rose。 NGL查看器：基于Web的大型复合物的分子图形。生物信息学：BTY419，2018。DOI：10.1093/bioinformatics/bty419
- 就像玫瑰和PW希尔德布兰德一样。 NGL查看器：用于分子可视化的Web应用程序。 Nucl Acids Res（2015年7月1日）43（W1）：W576-W579首次在线发布于2015年4月29日。doi：10.1093/nar/gkv402
