ngl

NGL Viewerは、分子視覚化のためのWebアプリケーションです。 WebGLは、さまざまな表現を持つタンパク質やDNA/RNAなどの分子を表示するために使用されます。

動作中にそれを見てください：

• Webアプリケーション
• X線ビューア
• ギャラリー
• CodePenテンプレート
• NGLのタグ付きペン

PythonおよびRとの統合：

• nglview：Jupyterノートブックウィジェット
• nglviewr r htmlwidget（および光沢のあるアプリケーションの例）

ドキュメント：

• 参照
• マニュアル

特徴

• 分子構造（MMCIF、PDB、PQR、GRO、SDF、MOL2、MMTF）
• 密度ボリューム（MRC/MAP/CCP4、DX/DXBIN、CUBE、BRIX/DSN6、XPLOR/CNS）
• ユーザーインタラクション（マウスピッキング、選択言語、アニメーション、画像エクスポート）
• 調整軌道（DCD＆PSF、NCTRAJ＆PRMTOP、TRR/XTC＆TOP、MDSRV経由のリモートアクセス）
• 埋め込み可能（単一ファイル、API）

使用法

NGLビューアーは、Webブラウザーで表示される静的ファイルのセットであるため、インストールはあまり必要ありません。開発目的では、このリポジトリをクローンしてローカルで提供することが役立ちます（以下を参照）。 NGLビューアーをライブラリとして埋め込む場合、自己含有ビルドDIST/NGL.JSを含めるだけで十分です。 GUIを含む完全なWebアプリケーションは、Examples Directoryにあります。

NPMから現在のリリースをインストールするには、 npm install ngl 。

謝辞

このプロジェクトは、多くの素晴らしいオープンソースプロジェクトなしでは不可能です。特に、Three.JSプロジェクトは素晴らしい基盤を提供します。

• 3.js
  • NGLは、Three.JSライブラリに依存してWebGLをインターフェイスします
  • NGLのGUIは、Three.JSエディターUIに基づいています
• sprintf.js-テキストのフォーマット用
• JSFEAT -Superposition MethodのSVDコードはjsfeatからです
• ESDOC-ドキュメント用
• Vitest-単体テスト用
• Chroma.js-色処理用
• Flexicolorpicker-カラーピッキング用
• 仮想DOMリスト
• フォント素晴らしい - アイコン用
• JS信号
• tether.js
• パコ - Zlibポート
• オープンソースPymol-画面アライメントシリンダーシェーダー
• PointspriteプラグインからのVTK Quadric Shaderコード - Quadric Surface Centerの計算
• ハイパーボール - ハイパーボールスティックシェーダー-Chavent、M.、Vanel、A.、Tek、A.、Levy、B.、Robert、S.、Raffin、B。、＆Baaden、M。（2011）。ハイパーボールを使用したGPU加速原子と動的結合視覚化：ボール、スティック、双曲線の統一アルゴリズム。 Journal of Computational Chemistry、32（13）、2924–35。 doi：10.1002/jcc.21861
• Mol* -CIFとBinaryCifファイルの解析 - デビッド・セナール、セバスチャン・ビットトリッチ、マンダー・デシュパンデ、ラドカ・スヴォボドヴァ、カレル・ベルカ、バクラヴ・バスギエ、サメア・ベランカル、スティーブン・K・バーリー、ジャロスラヴ・コチャ、アレクサンダー・ローズ核酸研究、2021年。doi：10.1093/nar/gkab31。

資金源：

• 助成金によるRCSB PDB資金[DBI-1338415; pi：sk burley] NSF、NIH、および米国のdoeから
• NCI/NIH賞番号U01 CA198942
• DFG Projekt HI 1502

引用

NGLを使用する場合は、引用してください：

• Rose、Ar Bradley、Y Valasatava、JM Duarte、APrlić、Pw Rose。 NGLビューア：大きな複合体のWebベースの分子グラフィックス。バイオインフォマティクス：BTY419、2018。DOI：10.1093/Bioinformatics/BTY419
• バラとPWヒルデブランドのように。 NGL Viewer：分子視覚化のためのWebアプリケーション。 Nucl Acids Res（2015年7月1日）43（W1）：W576-W579最初にオンラインで公開2015年4月29日。doi：10.1093/nar/gkv402