ngl

NGL查看器是用於分子可視化的Web應用程序。 WebGL用於顯示具有多種表示的蛋白質和DNA/RNA等分子。

在行動中看到它：

• Web應用程序
• X射線查看器
• 畫廊
• Codepen模板
• 筆標記為NGL

與Python和R集成：

• nglview：jupyter筆記本電腦小部件
• nglviewr r htmlwidget（還有一個示例閃亮應用程序）

文件:

• 參考
• 手動的

特徵

• 分子結構（MMCIF，PDB，PQR，GRO，SDF，MOL2，MMTF）
• 密度體積（MRC/MAP/CCP4，DX/DXBIN，CUBE，BRIX/DSN6，XPLOR/CNS）
• 用戶互動（鼠標選擇，選擇語言，動畫，圖像導出）
• 坐標軌跡（DCD和PSF，NCTRAJ和PRMTOP，TRR/XTC和TOP，通過MDSRV遠程訪問）
• 可嵌入（單文件，API）

用法

由於NGL查看器是要在Web瀏覽器中查看的一組靜態文件，因此不需要太多安裝。為了開發目的，克隆此存儲庫並在本地提供服務將很有幫助（見下文）。當將NGL查看器嵌入庫時，就足以包括自我包含的build dist/ngl.js。示例目錄中可以找到一個完整的Web應用程序。

要安裝NPM DO npm install ngl的當前版本。

致謝

沒有許多精美的開源項目，這個項目將是不可能的。尤其是Three JS項目為基礎提供了良好的基礎。

• 三
  • NGL依靠三個.js庫來接口WebGl
  • NGL的GUI基於三個編輯器UI
• sprintf.js-用於格式化文本
• JSFeat-疊加方法的SVD代碼來自JSFeat
• ESDOC-用於文檔
• vitest-用於單元測試
• Chroma.js-用於顏色處理
• FlexicolorPicker-用於彩色挑選
• 虛擬DOM列表
• 字體很棒 - 圖標
• JS信號
• tether.js
• pako- Zlib端口
• 開源Pymol-屏幕對齊的氣缸著色器
• VTK二次著色器代碼來自Pointsprite插件 - 四邊形表面中心計算
• Hythballs -Hythball Stick著色器-Chavent，M.，Vanel，A.，Tek，A.，Levy，B.，Robert，S.，Raffin，B。 ，＆Baaden，M。 （2011）。 GPU加速原子和動態鍵可視化使用炙手可熱的原子：統一的球，棍棒和倍曲面算法。 《計算化學雜誌》，第32（13）卷，第2924-35頁。 doi：10.1002/jcc.21861
• Mol* - for parsing CIF and binaryCIF files - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley, Jaroslav Koča, Alexander S Rose: Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures,核酸研究，2021。 DOI：10.1093/nar/gkab31。

資金來源：

• RCSB PDB資助贈款[DBI-1338415; PI：SK Burley]來自NSF，NIH和美國Doe
• NCI/NIH獎勵號U01 CA198942
• DFG Projekt HI 1502

引用

使用NGL時，請引用：

• 作為Rose，Ar Bradley，Y Valasatava，JM Duarte，APrlić和PW Rose。 NGL查看器：基於Web的大型複合物的分子圖形。生物信息學：BTY419，2018。 DOI：10.1093/bioinformatics/bty419
• 就像玫瑰和PW希爾德布蘭德一樣。 NGL查看器：用於分子可視化的Web應用程序。 Nucl Acids Res（2015年7月1日）43（W1）：W576-W579首次在線發佈於2015年4月29日。 doi：10.1093/nar/gkv402