NGL Viewer es una aplicación web para la visualización molecular. WebGL se emplea para mostrar moléculas como proteínas y ADN/ARN con una variedad de representaciones.
Véalo en acción:
- Aplicación web
- Visor de rayos X
- Galería
- Plantilla CodePen
- Bolígrafos etiquetados ngl
Integración con Python y R:
- Nglview: widget de cuaderno de Jupyter
- Nglviewr r htmlwidget (y una aplicación brillante de ejemplo)
Documentación:
Características
- Estructuras moleculares (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)
- Volúmenes de densidad (MRC/MAP/CCP4, DX/DXBIN, CUBE, Brix/DSN6, Xplor/CNS)
- Interacción del usuario (selección del mouse, lenguaje de selección, animación, exportación de imágenes)
- Trayectorias de coordenadas (DCD y PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR/XTC y TOP, acceso remoto a través de MDSRV)
- Incrustable (archivo único, API)
Uso
Dado que el visor de NGL es un conjunto de archivos estáticos que se verán en un navegador web, no se necesita mucha instalación. Para fines de desarrollo, será útil clonar este repositorio y servirlo localmente (ver más abajo). Al incrustar el espectador de NGL como una biblioteca, es suficiente incluir la construcción autónoma Dist/NGL.js. Se puede encontrar una aplicación web completa que incluye una GUI en el directorio de ejemplos.
Para instalar la versión actual de NPM DO npm install ngl .
Expresiones de gratitud
Este proyecto no sería posible sin muchos proyectos finos de código abierto. Especialmente el proyecto Three.js proporciona una gran base.
- tres.js
- NGL se basa en la biblioteca tres.js para interfaz WebGL
- La GUI de NGL se basa en la interfaz de usuario de tres.js editor
- sprintf.js - para formatear texto
- JSFeat: el código SVD para el método de superposición es de JSFeat
- Esdoc - para documentación
- Vitest - para pruebas unitarias
- Chroma.js - Para el manejo de color
- FlexicolorPicker - para la recolección de colores
- Lista de DOM virtual
- Font impresionante - para íconos
- Señales de JS
- Tether.js
- Pako - Puerto Zlib
- Pymol de código abierto - sombreador de cilindro alineado
- Código de sombreador cuádruple VTK del complemento PointsPrite - Cálculo del centro de superficie cuadrática Quadric
- Hyperballs - Hyperball Stick Shader - Chavent, M., Vanel, A., Tek, A., Levy, B., Robert, S., Raffin, B. y Baaden, M. (2011). Visualización de átomos y enlaces dinámicos acelerados con GPU usando hiperballs: un algoritmo unificado para bolas, palos e hipermoloides. Journal of Computational Chemistry, 32 (13), 2924–35. doi: 10.1002/jcc.21861
- Mol* - para analizar los archivos CIF y Binarycif - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley, Jaroslav Koča, Alexander S Rose: Mol* Visita: Aplicación web moderna para 3D Visualización y análisis de Analization of BiLOMOLOMOLURES, NUCHURES, NUCHURES, NUWOMOLETRES, NUCTLEAT Acids Research, 2021. DOI: 10.1093/NAR/GKAB31.
Fuentes de financiación:
- Financiación PDB RCSB por una subvención [DBI-1338415; Pi: Sk Burley] del NSF, el NIH y el Doe de los Estados Unidos
- Número de premio NCI/NIH U01 CA198942
- DFG Projekt HI 1502
Citar
Cuando use NGL, cite:
- Como Rose, Ar Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, A Prlić y PW Rose. Visor de NGL: gráficos moleculares basados en la web para grandes complejos. Bioinformática: Bty419, 2018. Doi: 10.1093/bioinformática/bty419
- Como Rose y PW Hildebrand. Visor de NGL: una aplicación web para la visualización molecular. Nucl Acids Res (1 de julio de 2015) 43 (W1): W576-W579 Publicado por primera vez en línea el 29 de abril de 2015. DOI: 10.1093/NAR/GKV402
