O NGL Viewer é um aplicativo da Web para visualização molecular. O WebGL é empregado para exibir moléculas como proteínas e DNA/RNA com uma variedade de representações.
Veja em ação:
- Aplicativo da Web
- Visualizador de raios-X
- Galeria
- Modelo CodePen
- Canetas marcadas com NGL
Integração com Python e R:
- NGLView: Widget de notebook Jupyter
- Nglviewr r htmlwidget (e um exemplo de aplicativo brilhante)
Documentação:
Características
- Estruturas moleculares (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)
- Volumes de densidade (MRC/MAP/CCP4, DX/DXBIN, CUBE, BRIX/DSN6, XPLOR/CNS)
- Interação do usuário (colheita de mouse, linguagem de seleção, animação, exportação de imagens)
- Trajetórias de coordenadas (DCD & PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR/XTC & TOP, acesso remoto via MDSRV)
- Incorporável (arquivo único, API)
Uso
Como o visualizador da NGL é um conjunto de arquivos estáticos a serem visualizados em um navegador da web, não é necessário muita instalação. Para fins de desenvolvimento, será útil clonar este repositório e servir localmente (veja abaixo). Ao incorporar o visualizador de NGL como uma biblioteca, é suficiente incluir a compilação independente. Um aplicativo completo da Web, incluindo uma GUI, pode ser encontrado no diretório de exemplos.
Para instalar a versão atual do NPM do npm install ngl .
Agradecimentos
Este projeto não seria possível sem muitos projetos finos de código aberto. Especialmente o projeto Three.js fornece uma ótima base.
- três.js
- NGL conta com a biblioteca três.js para interface Webgl
- A GUI da NGL é baseada na interface do editor de três.js
- sprintf.js - para formatar texto
- JSFEAT - O código SVD para o método de superposição é do JSFEAT
- ESDOC - para documentação
- Vitest - para testes de unidade
- Chroma.js - para manuseio de cores
- Flexicolorpicker - para colheita de cores
- Lista Virtual DOM
- Fonte incrível - para ícones
- Sinais JS
- Tether.js
- pako - porta zlib
- Open Source Pymol - Shader de cilindro alinhado com tela
- Código de shader quadricular VTK do plug -in Pointprite - cálculo do centro de superfície quadricular
- Hiperballs - Hyperball Stick Shader - Chavent, M., Vanel, A., Tek, A., Levy, B., Robert, S., Raffin, B., & Baaden, M. (2011). Visualização de ligações dinâmicas aceleradas por GPU usando hiperballs: um algoritmo unificado para bolas, paus e hiperbolóides. Journal of Computational Chemistry, 32 (13), 2924-35. doi: 10.1002/jcc.21861
- Mol* - for parsing CIF and binaryCIF files - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley, Jaroslav Koča, Alexander S Rose: Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures, Nucleic ACIDS PESQUISA, 2021. doi: 10.1093/NAR/GKAB31.
Fontes de financiamento:
- Financiamento do PDB do RCSB por uma concessão [DBI-1338415; PI: SK BURLEY] da NSF, o NIH e os EUA doe
- Número do prêmio NCI/NIH U01 CA198942
- Dfg projekt hi 1502
Citar
Ao usar o NGL, cite:
- Como Rose, Ar Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, um Prlić e PW Rose. Visualizador de NGL: gráficos moleculares baseados na Web para grandes complexos. Bioinformática: BTY419, 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty419
- Como Rose e PW Hildebrand. Visualizador de NGL: um aplicativo da Web para visualização molecular. Nucl Acids Res (1 de julho de 2015) 43 (W1): W576-W579 Publicado pela primeira vez online 29 de abril de 2015. doi: 10.1093/NAR/GKV402
