NGL Viewer est une application Web pour la visualisation moléculaire. WebGL est utilisé pour afficher des molécules comme les protéines et l'ADN / ARN avec une variété de représentations.
Voyez-le en action:
- Application Web
- Visionneuse à rayons X
- Galerie
- Modèle de codepen
- Stylos étiquetés NGL
Intégration avec Python et R:
- NGLVIEW: Widget de cahier Jupyter
- Nglviewr r htmlwidget (et un exemple d'application brillante)
Documentation:
Caractéristiques
- Structures moléculaires (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)
- Volumes de densité (MRC / MAP / CCP4, DX / DXBIN, CUBE, BRIX / DSN6, XPLOR / CNS)
- Interaction utilisateur (sélection de souris, langage de sélection, animation, exportation d'image)
- Les trajectoires de coordonnées (DCD et PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR / XTC & TOP, Accès à distance via MDSRV)
- EmbedDable (fichier unique, API)
Usage
Étant donné que le Viewer NGL est un ensemble de fichiers statiques à afficher dans un navigateur Web, il n'y a pas beaucoup d'installation nécessaire. À des fins de développement, il sera utile de cloner ce référentiel et de le servir localement (voir ci-dessous). Lorsque vous incorporez le spectateur NGL en tant que bibliothèque, il suffit d'inclure la construction auto-contenue Dist / ngl.js. Une application Web complète comprenant une interface graphique peut être trouvée dans le répertoire des exemples.
Pour installer la version actuelle de NPM, npm install ngl .
Remerciements
Ce projet ne serait pas possible sans de nombreux projets open source fine. En particulier, le projet Three.JS offre une excellente base.
- trois.js
- NGL s'appuie sur la bibliothèque Three.js pour interface webgl
- L'interface graphique de Ngl est basée sur l'interface utilisateur de l'éditeur Three.js
- sprintf.js - pour la mise en forme du texte
- JSFEAT - Le code SVD pour la méthode de superposition provient de JSFEAT
- Esdoc - pour la documentation
- Vitest - Pour les tests unitaires
- Chroma.js - pour la manipulation des couleurs
- Flexicolorpicker - pour la cueillette des couleurs
- Liste DOM virtuelle
- Font génial - pour les icônes
- Signaux JS
- Tether.js
- Pako - Port Zlib
- Pymol open source - shader de cylindre aligné d'écran
- VTK Quadric Shader Code du plugin PointPrite - Calcul du centre de surface quadrique
- Hyperball - Hyperball Stick Shader - Chavent, M., Vanel, A., Tek, A., Levy, B., Robert, S., Raffin, B., et Baaden, M. (2011). Visualisation des atomes et des liaisons dynamiques accélérées par le GPU à l'aide d'hyperball: un algorithme unifié pour les balles, les bâtons et les hyperboloïdes. Journal of Computational Chemistry, 32 (13), 2924–35. doi: 10.1002 / JCC.21861
- Mol * - Pour l'analyse des fichiers CIF et BinaryCIF - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley Research sur les acides, 2021. Doi: 10.1093 / nar / gkab31.
Sources de financement:
- Financement RCSB PDB par une subvention [DBI-1338415; Pi: Sk Burley] Du NSF, le NIH et le Doe américain
- NCI / NIH Numéro de récompense U01 CA198942
- Dfg projekt hi 1502
Citer
Lorsque vous utilisez NGL, veuillez citer:
- En tant que Rose, Ar Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, un Prlić et PW Rose. Visionneuse NGL: graphiques moléculaires basés sur le Web pour de grands complexes. Bioinformatics: BTY419, 2018. Doi: 10.1093 / bioinformatique / bty419
- Comme Rose et PW Hildebrand. Visionneuse NGL: une application Web pour la visualisation moléculaire. Nucl Acids Res (1er juillet 2015) 43 (W1): W576-W579 Publié en ligne pour la première fois le 29 avril 2015. DOI: 10.1093 / nar / gkv402
