Penampil NGL adalah aplikasi web untuk visualisasi molekuler. WebGL digunakan untuk menampilkan molekul seperti protein dan DNA/RNA dengan berbagai representasi.
Melihatnya beraksi:
- Aplikasi Web
- Penampil X-Ray
- Galeri
- Template Codepen
- Pena dengan tag NGL
Integrasi dengan Python dan R:
- NGLVIEW: widget notebook Jupyter
- NGLVIEWR R HTMLWIDGET (dan contoh aplikasi mengkilap)
Dokumentasi:
Fitur
- Struktur molekul (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)
- Volume kepadatan (MRC/MAP/CCP4, DX/DXBIN, CUBE, BRIX/DSN6, XPLOR/CNS)
- Interaksi Pengguna (Pilihan Mouse, Bahasa Seleksi, Animasi, Ekspor Gambar)
- Lintasan Koordinat (DCD & PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR/XTC & TOP, Akses Jarak Jauh melalui MDSRV)
- Embeddable (file tunggal, API)
Penggunaan
Karena penampil NGL adalah satu set file statis yang akan dilihat di browser web tidak ada banyak instalasi yang diperlukan. Untuk tujuan pengembangan, akan sangat membantu untuk mengkloning repositori ini dan melayani secara lokal (lihat di bawah). Saat menanamkan penampil NGL sebagai perpustakaan, cukup untuk memasukkan mandiri build dist/ngl.js. Aplikasi web lengkap termasuk GUI dapat ditemukan di direktori contoh.
Untuk menginstal rilis saat ini dari NPM DO npm install ngl .
Ucapan Terima Kasih
Proyek ini tidak akan mungkin terjadi tanpa banyak proyek open-source yang bagus. Terutama proyek Three.js memberikan fondasi yang hebat.
- tiga.js
- NGL bergantung pada pustaka tiga.js untuk antarmuka webgl
- GUI NGL didasarkan pada UI editor Three.js
- sprintf.js - untuk memformat teks
- JSFEAT - Kode SVD untuk metode superposisi adalah dari JSfeat
- ESDOC - untuk dokumentasi
- Vitest - Untuk pengujian unit
- Chroma.js - untuk penanganan warna
- Flexicolorpicker - untuk memetik warna
- Daftar DOM Virtual
- Font mengagumkan - untuk ikon
- Sinyal JS
- tether.js
- Pako - Port Zlib
- Open Source Pymol - Layar Silinder Shader
- VTK Quidric Shader Code dari PointPrite Plugin - Perhitungan Pusat Permukaan Kuadris
- Hyperballs - Hyperball Stick Shader - Chavent, M., Vanel, A., Tek, A., Levy, B., Robert, S., Raffin, B., & Baaden, M. (2011). Atom yang dipercepat GPU dan visualisasi ikatan dinamis menggunakan hyperballs: algoritma terpadu untuk bola, tongkat, dan hiperboloid. Jurnal Kimia Komputasi, 32 (13), 2924–35. doi: 10.1002/jcc.21861
- Mol* - for parsing CIF and binaryCIF files - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley, Jaroslav Koča, Alexander S Rose: Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures, Nucleic Penelitian Asam, 2021. DOI: 10.1093/NAR/GKAB31.
Sumber Pendanaan:
- Pendanaan RCSB PDB oleh hibah [DBI-1338415; PI: SK Burley] dari NSF, NIH, dan DOE AS
- NCI/NIH Award Number U01 CA198942
- DFG ProJekt HI 1502
Mengutip
Saat menggunakan NGL, silakan kutip:
- Sebagai Rose, Ar Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, seorang Prlić dan PW Rose. Penampil NGL: Grafik molekuler berbasis web untuk kompleks besar. Bioinformatika: BTY419, 2018. DOI: 10.1093/Bioinformatika/BTY419
- Sebagai Rose dan PW Hildebrand. Penampil NGL: Aplikasi web untuk visualisasi molekuler. Nucl Acids Res (1 Juli 2015) 43 (W1): W576-W579 Diterbitkan secara online 29 April 2015. DOI: 10.1093/NAR/GKV402
