NGL Viewer هو تطبيق ويب للتصور الجزيئي. يتم استخدام WebGL لعرض جزيئات مثل البروتينات والحمض النووي/الحمض النووي الريبي مع مجموعة متنوعة من التمثيل.
أراه في العمل:
- تطبيق الويب
- عارض الأشعة السينية
- معرض
- قالب codepen
- أقلام الموسومة NGL
التكامل مع Python و R:
- NGLVIEW: واجهة مستخدم Jupyter Notebook
- nglviewr r htmlwidget (ومثال تطبيق لامع)
الوثائق:
سمات
- الهياكل الجزيئية (MMCIF ، PDB ، PQR ، GRO ، SDF ، MOL2 ، MMTF)
- أحجام الكثافة (MRC/MAP/CCP4 ، DX/DXBIN ، CUBE ، BRIX/DSN6 ، XPLOR/CNS)
- تفاعل المستخدم (اختيار الماوس ، لغة الاختيار ، الرسوم المتحركة ، تصدير الصور)
- مسارات الإحداثيات (DCD & PSF ، NCTRAJ & PRMTOP ، TRR/XTC & TOP ، الوصول عن بُعد عبر MDSRV)
- قابلة للتضمين (ملف واحد ، API)
الاستخدام
نظرًا لأن عارض NGL عبارة عن مجموعة من الملفات الثابتة التي سيتم عرضها في متصفح الويب ، فلا يوجد الكثير من التثبيت المطلوب. لأغراض التطوير ، سيكون من المفيد استنساخ هذا المستودع وخدمته محليًا (انظر أدناه). عند تضمين عارض NGL كمكتبة ، يكفي تضمين البناء الذي يحتوي على ذاتي DIST/NGL.JS. يمكن العثور على تطبيق ويب كامل بما في ذلك واجهة المستخدم الرسومية في دليل الأمثلة.
لتثبيت الإصدار الحالي من NPM Do npm install ngl .
شكر وتقدير
لن يكون هذا المشروع ممكنًا بدون العديد من المشاريع المفتوحة المصدر. لا سيما مشروع Three.JS يوفر أساسًا رائعًا.
- ثلاثة
- يعتمد NGL على مكتبة Three.js لواجهة WebGL
- يعتمد واجهة المستخدم الرسومية على NGL على واجهة المستخدم Three.JS Editor
- Sprintf.JS - لتنسيق النص
- JSFeat - رمز SVD لطريقة التراكب من JSFeat
- ESDOC - للتوثيق
- Vitest - لاختبار الوحدة
- chroma.js - لمعالجة الألوان
- Flexicolorpicker - لالتقاط الألوان
- قائمة DOM الافتراضية
- الخط رائع - للأيقونات
- إشارات JS
- tether.js
- باكو - منفذ زلب
- مفتوح المصدر pymol - تظليل محاذاة الشاشة
- رمز تظليل VTK Quadric من PointSprite Plugin - حساب مركز السطح الرباعي
- Hyperballs - Hyperball Stick Shader - Chavent ، M. ، Vanel ، A. ، Tek ، A. ، Levy ، B. ، Robert ، S. ، Raffin ، B. ، & Baaden ، M. (2011). الذرة التي تعاني من GPU وتصور الرابطة الديناميكية باستخدام كرات Hyperballs: خوارزمية موحدة للكرات ، العصي ، والخزانات. مجلة الكيمياء الحسابية ، 32 (13) ، 2924-35. doi: 10.1002/jcc.21861
- Mol* - لتحليل ملفات CIF و BinaryCif - ديفيد سينال ، سيباستيان بيتريش ، ماندر ديشباندي ، رادكا سافوبودوفا ، كاريل بيركا ، فاكاف بازجير ، سمير فيلانكار ، ستيفن كيلو بيرلي ، جاروسلاف كويا ، ألكساندر. أبحاث الأحماض ، 2021. DOI: 10.1093/NAR/GKAB31.
مصادر التمويل:
- تمويل RCSB PDB من خلال منحة [DBI-1338415 ؛ PI: SK Burley] من NSF و NIH و US Doe
- رقم جائزة NCI/NIH U01 CA198942
- DFG projekt مرحبا 1502
استشهد
عند استخدام NGL ، يرجى الاستشهاد:
- كما روز ، Ar Bradley ، Y Valasatava ، Jm Duarte ، Prlić و PW Rose. عارض NGL: الرسومات الجزيئية المستندة إلى الويب للمجمعات الكبيرة. المعلوماتية الحيوية: BTY419 ، 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty419
- كما روز و PW Hildebrand. عارض NGL: تطبيق ويب للتصور الجزيئي. أحماض Nucl Res (1 يوليو 2015) 43 (W1): W576-W579 تم نشره لأول مرة على الإنترنت في 29 أبريل 2015. DOI: 10.1093/NAR/GKV402
