NGL Viewer - это веб -приложение для молекулярной визуализации. WebGL используется для отображения молекул, таких как белки и ДНК/РНК с различными представлениями.
Смотрите в действии:
- Веб -приложение
- Рентген зритель
- Галерея
- Шаблон кода
- Ручки с меткой NGL
Интеграция с Python и R:
- Nglview: jupyter notebbook widget
- Nglviewr r htmlwidget (и пример блестящего приложения)
Документация:
Функции
- Молекулярные структуры (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)
- Объем плотности (MRC/MAP/CCP4, DX/DXBIN, CUBE, BRIX/DSN6, XPLOR/CNS)
- Взаимодействие с пользователем (выбор мыши, язык выбора, анимация, экспорт изображений)
- Координатные траектории (DCD & PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR/XTC & TOP, удаленный доступ через MDSRV)
- EmbedDable (Single File, API)
Использование
Поскольку NGL Viewer представляет собой набор статических файлов, которые будут просмотреть в веб-браузере, не требуется много необходимости. Для целей разработки будет полезно клонировать этот репозиторий и служить его на местном уровне (см. Ниже). При внедрении зрителя NGL в качестве библиотеки достаточно, чтобы включить самоспоращенную сборку DIST/NGL.JS. Полное веб -приложение, включая графический интерфейс, можно найти в каталоге примеров.
Чтобы установить текущий выпуск от NPM DO npm install ngl .
Благодарности
Этот проект был бы невозможным без многих тонких проектов с открытым исходным кодом. Особенно проект Three.js обеспечивает отличную основу.
- Три
- NGL полагается на библиотеку Three.js для интерфейса webgl
- GUI NGL основан на пользовательском интерфейсе редактора Three.js
- sprintf.js - для форматирования текста
- JSFEAT - код SVD для метода суперпозиции от JSFEAT
- Esdoc - для документации
- Vitest - для единичных испытаний
- Chroma.js - для обработки цвета
- FlexIcolorpicker - для сбора цвета
- Виртуальный список DOM
- Шрифт потрясающий - для икон
- JS сигналы
- tether.js
- Пако - порт Zlib
- С открытым исходным кодом Pymol - Screen Выровненная шейдер с цилиндром
- VTK Quadry Shader Code из плагина PointsPrite - расчет квадрического центра поверхности
- Hyperballs - Hyperball Stick Shader - Chavent, M., Vanel, A., Tek, A., Levy, B., Robert, S., Raffin, B. & Baaden, M. (2011). Ускоренная графическая атом и динамическая визуализация связи с использованием гиперболов: единый алгоритм для шаров, палочек и гипербобоидов. Журнал вычислительной химии, 32 (13), 2924–35. doi: 10.1002/jcc.21861
- Mol* - для анализа файлов CIF и BinaryCIF - Дэвид Сенал, Себастьян Биттрих, Мандар Дешпанде, Радка Свободова, Карел Берка, Ваклав Базгьер, Самир Веланк, Стивен К Берли, Ярослав Коча, Александр С. Исследование кислот, 2021. doi: 10.1093/nar/gkab31.
Источники финансирования:
- RCSB PDB финансирование грантом [DBI-1338415; PI: SK Burley] из NSF, NIH и США DOE
- NCI/NIH Award Number U01 CA198942
- DFG Projekt HI 1502
Цитировать
При использовании NGL цитируйте:
- Роуз, Ар Брэдли, Y Валасатава, JM Duarte, Prlić и PW Rose. NGL Viewer: веб-молекулярная графика для больших комплексов. Биоинформатика: BTY419, 2018. DOI: 10.1093/Bioinformatics/BTY419
- Как Роза и П.В. Хильдебранд. NGL Viewer: веб -приложение для молекулярной визуализации. Nucl Acids Res (1 июля 2015 г.) 43 (W1): W576-W579 впервые опубликовано онлайн 29 апреля 2015 г. DOI: 10.1093/NAR/GKV402
