NGL Viewer ist eine Webanwendung für die molekulare Visualisierung. WebGL wird verwendet, um Moleküle wie Proteine und DNA/RNA mit einer Vielzahl von Darstellungen anzuzeigen.
Siehe es in Aktion:
- Webanwendung
- Röntgenbieter
- Galerie
- Codepen -Vorlage
- Stifte markiert NGL
Integration mit Python und R:
- NGlView: Jupyter Notebook Widget
- NGlViewr r htmlwidget (und ein Beispiel glänzendes Anwendung)
Dokumentation:
Merkmale
- Molekülstrukturen (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, Mol2, MMTF)
- Dichtevolumina (MRC/MAP/CCP4, DX/DXBIN, CUBE, BRIX/DSN6, XPLOR/CNS)
- Benutzerinteraktion (Mausauswahl, Auswahlsprache, Animation, Bildexport)
- Koordinaten -Trajektorien (DCD & PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR/XTC & TOP, Remote -Zugriff über MDSRV)
- Einbettbar (Einzeldatei, API)
Verwendung
Da der NGL-Viewer eine Reihe von statischen Dateien ist, die in einem Webbrowser angezeigt werden sollen, ist keine große Installation erforderlich. Für Entwicklungszwecke wird es hilfreich sein, dieses Repository zu klonen und vor Ort zu servieren (siehe unten). Beim Einbettung des NGL -Betrachters als Bibliothek reicht es aus, das selbst enthaltene Build Dist/NGL.js einzuschließen. Eine vollständige Webanwendung mit einer GUI finden Sie im Beispielverzeichnis.
So installieren Sie die aktuelle Version von NPM DO npm install ngl .
Anerkennung
Dieses Projekt wäre ohne viele gute Open-Source-Projekte nicht möglich. Insbesondere das drei.js -Projekt bietet eine großartige Grundlage.
- drei.js
- NGL stützt sich auf die Three.js -Bibliothek, um WebGL zu interpretieren
- NGLs GUI basiert auf der Drei.js -Editor -Benutzeroberfläche
- Sprintf.js - zum Formatieren von Text
- JSFEAT - Der SVD -Code für die Überlagerungsmethode stammt von JSFEAT
- ESDOC - zur Dokumentation
- Vitest - für Unit -Tests
- Chroma.js - Für die Farbhandhabung
- Flexicolorpicker - für die Farbauswahl
- Virtuelle DOM -Liste
- Schriftart großartig - für Ikonen
- JS Signale
- Tether.js
- Pako - Zlib Port
- Open Source Pymol - Bildschirm ausgerichteter Zylinder Shader
- VTK Quadric Shader Code aus dem Pointssprite -Plugin - Quadrische Oberflächenmitte -Berechnung
- Hyperballs - Hyperball Stick Shader - Chavent, M., Vanel, A., Tek, A., Levy, B., Robert, S., Raffin, B. & Baaden, M. (2011). GPU-beschleunigte Atom- und dynamische Bindungsvisualisierung unter Verwendung von Hyperballs: Ein einheitlicher Algorithmus für Kugeln, Stöcke und Hyperboloiden. Journal of Computational Chemistry, 32 (13), 2924–35. doi: 10.1002/jcc.21861
- Mol* - zum Parsen von CIF- und BinaryCIF -Dateien - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley, Jaroslav Koča, Alexander S und Mol* Aussehen: Moderne Web -App für die 3d Visualisierung von 3d Visualisation und Analyse von Large, Alexander S Rose: Mol* Aussehen: Moderne Web -App für 3d Visualization und 3d Visualization und 3d Visualization und Analyse von 3d Visualization und Visualisierung von Alexander. Nukleinsäuren Research, 2021. DOI: 10.1093/NAR/GKAB31.
Finanzierungsquellen:
- RCSB-PDB-Finanzierung durch ein Stipendium [DBI-1338415; PI: SK Burley] aus der NSF, dem NIH und den USA DOE
- NCI/NIH -Preisnummer U01 CA198942
- Dfg projekt hi 1502
Zitieren
Wenn Sie NGL verwenden, zitieren Sie bitte:
- Als Rose, Ar Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, ein Prlić und PW Rose. NGL Viewer: Webbasierte molekulare Grafiken für große Komplexe. Bioinformatik: bty419, 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty419
- Als Rose und PW Hildebrand. NGL Viewer: Eine Webanwendung für die molekulare Visualisierung. Nucl Acids Res (1. Juli 2015) 43 (W1): W576-W579 Online veröffentlicht am 29. April 2015. DOI: 10.1093/NAR/GKV402
