หน้าแรก>แหล่งข้อมูลการสร้างเว็บไซต์>ข้อมูลเว็บไซต์
ดาวน์โหลด

NGL Viewer เป็นเว็บแอปพลิเคชันสำหรับการสร้างภาพโมเลกุล WebGL ใช้เพื่อแสดงโมเลกุลเช่นโปรตีนและ DNA/RNA ที่มีตัวแทนหลากหลาย

ดูในการดำเนินการ:

  • เว็บแอปพลิเคชัน
  • ผู้ชมเอ็กซ์เรย์
  • แกลลอรี่
  • เทมเพลต codepen
  • ปากกาติดแท็ ก NGL

การรวมเข้ากับ Python และ R:

  • NglView: Jupyter Notebook Widget
  • nglviewr r htmlwidget (และแอปพลิเคชันมันวาว)

เอกสาร:

  • อ้างอิง
  • คู่มือ

คุณสมบัติ

  • โครงสร้างโมเลกุล (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)
  • ปริมาณความหนาแน่น (MRC/MAP/CCP4, DX/DXBIN, Cube, Brix/DSN6, XPLOR/CNS)
  • การโต้ตอบของผู้ใช้ (การเลือกเมาส์, ภาษาที่เลือก, ภาพเคลื่อนไหว, การส่งออกรูปภาพ)
  • ประสานงานวิถี (DCD & PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR/XTC & TOP, การเข้าถึงระยะไกลผ่าน MDSRV)
  • EmbedDable (ไฟล์เดียว, API)

การใช้งาน

เนื่องจากผู้ชม NGL เป็นชุดของไฟล์คงที่ที่จะดูในเว็บเบราว์เซอร์จึงไม่จำเป็นต้องติดตั้งมากนัก เพื่อวัตถุประสงค์ในการพัฒนามันจะเป็นประโยชน์ในการโคลนที่เก็บนี้และให้บริการในพื้นที่ (ดูด้านล่าง) เมื่อฝังผู้ชม NGL เป็นห้องสมุดมันก็เพียงพอที่จะรวมตัวเองที่มีอยู่ในตัวเอง เว็บแอปพลิเคชันเต็มรูปแบบรวมถึง GUI สามารถพบได้ในไดเรกทอรีตัวอย่าง

ในการติดตั้งรีลีสปัจจุบันจาก NPM DO npm install ngl

กิตติกรรมประกาศ

โครงการนี้จะเป็นไปไม่ได้หากไม่มีโครงการโอเพนซอร์ซที่ดีมากมาย โดยเฉพาะอย่างยิ่งโครงการ Three.js เป็นรากฐานที่ยอดเยี่ยม

  • สาม.js
    • NGL อาศัยไลบรารีสาม.JSในการเชื่อมต่อ WebGL
    • NGL's GUI ขึ้นอยู่กับสาม editor ui editor.js ui
  • sprintf.js - สำหรับการจัดรูปแบบข้อความ
  • JSFEAT - รหัส SVD สำหรับวิธีการซ้อนทับมาจาก JSFEAT
  • ESDOC - สำหรับเอกสาร
  • Vitest - สำหรับการทดสอบหน่วย
  • chroma.js - สำหรับการจัดการสี
  • Flexicolorpicker - สำหรับการเลือกสี
  • รายการ DOM เสมือนจริง
  • Font Awesome - สำหรับไอคอน
  • สัญญาณ JS
  • tether.js
  • Pako - พอร์ต Zlib
  • Pymol โอเพนซอร์ส - Shader ทรงกระบอกจัดแนวหน้าจอ
  • VTK Quadric Shader Code จากปลั๊กอิน PointSprite - การคำนวณศูนย์กลางพื้นผิวสี่เหลี่ยมจัตุรัส
  • Hyperballs - Hyperball Stick Shader - Chavent, M. , Vanel, A. , Tek, A. , Levy, B. , Robert, S. , Raffin, B. , & Baaden, M. (2011) อะตอมที่เร่งด้วย GPU และการสร้างภาพพันธะแบบไดนามิกโดยใช้ไฮเปอร์บอล: อัลกอริทึมแบบครบวงจรสำหรับลูกบอลแท่งและไฮเปอร์โบลด์ วารสารเคมีคำนวณ, 32 (13), 2924–35 ดอย: 10.1002/jcc.21861
  • Mol* - สำหรับการแยกวิเคราะห์ไฟล์ CIF และ Binarycif - David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Velankar Sameer, Stephen K Burley, Jaroslav Koča การวิจัยกรดนิวคลีอิก, 2021. ดอย: 10.1093/nar/gkab31

แหล่งเงินทุน:

  • เงินทุน RCSB PDB โดยเงินช่วยเหลือ [DBI-1338415; PI: SK Burley] จาก NSF, NIH และ US DOE
  • NCI/NIH หมายเลขรางวัล U01 CA198942
  • dfg projekt สวัสดี 1502

อ้างถึง

เมื่อใช้ NGL โปรดอ้างอิง:

  • ในฐานะ Rose, AR Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, Prlićและ PW Rose ผู้ชม NGL: กราฟิกโมเลกุลบนเว็บสำหรับคอมเพล็กซ์ขนาดใหญ่ Bioinformatics: BTY419, 2018. DOI: 10.1093/Bioinformatics/BTY419
  • ในฐานะ Rose และ PW Hildebrand NGL Viewer: เว็บแอปพลิเคชันสำหรับการสร้างภาพโมเลกุล นิวเคลียสกรด (1 กรกฎาคม 2558) 43 (W1): W576-W579 เผยแพร่ครั้งแรกออนไลน์ 29 เมษายน 2558 DOI: 10.1093/NAR/GKV402
ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด