NGL 뷰어는 분자 시각화를위한 웹 응용 프로그램입니다. WebGL은 다양한 표현을 갖는 단백질 및 DNA/RNA와 같은 분자를 나타내는 데 사용됩니다.
실제로보기 :
- 웹 응용 프로그램
- 엑스선 뷰어
- 갱도
- 코디펜 템플릿
- 펜 태그 ngl
Python 및 R과의 통합 :
- nglview : Jupyter 노트북 위젯
- nglviewr r htmlwidget (및 반짝이는 응용 프로그램)
선적 서류 비치:
특징
- 분자 구조 (MMCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)
- 밀도 부피 (MRC/MAP/CCP4, DX/DXBIN, CUBE, BRIX/DSN6, XPLOR/CNS)
- 사용자 상호 작용 (마우스 선택, 선택 언어, 애니메이션, 이미지 내보내기)
- 좌표 궤적 (DCD & PSF, NCTRAJ & PRMTOP, TRR/XTC & TOP, MDSRV를 통한 원격 액세스)
- 임베드 가능 (단일 파일, API)
용법
NGL 뷰어는 웹 브라우저에서 볼 수있는 정적 파일 세트이므로 설치가 많이 필요하지 않습니다. 개발 목적 으로이 저장소를 복제하고 로컬로 제공하는 것이 도움이됩니다 (아래 참조). NGL 뷰어를 라이브러리로 포함시킬 때 자체 포함 된 빌드 DIST/NGL.JS를 포함하는 것으로 충분합니다. GUI를 포함한 전체 웹 응용 프로그램은 예제 디렉토리에서 찾을 수 있습니다.
NPM DO NPM Install NGL에서 현재 릴리스를 설치하려면 npm install ngl 하십시오.
감사의 말
이 프로젝트는 많은 훌륭한 오픈 소스 프로젝트 없이는 불가능합니다. 특히 Three.JS 프로젝트는 훌륭한 기초를 제공합니다.
- 3.js
- NGL은 WebGL을 인터페이스하기 위해 Three.JS 라이브러리에 의존합니다
- NGL의 GUI는 Three.JS 편집기 UI를 기반으로합니다
- sprintf.js- 텍스트 서식
- JSFEAT- 중첩 방법의 SVD 코드는 JSFEAT에서 나온 것입니다.
- ESDOC- 문서
- Vitest- 단위 테스트 용
- Chroma.js- 색상 취급 용
- FlexicolorPicker- 색상 피킹 용
- 가상 DOM 목록
- 글꼴 굉장 - 아이콘을 위해
- JS 신호
- 테더 .js
- PAKO -ZLIB 포트
- 오픈 소스 Pymol- 화면 정렬 된 실린더 셰이더
- Pointsprite 플러그인의 VTK Quadric Shader 코드 - 쿼드 트릭 표면 센터 계산
- Hyperballs -Hyperball Stick Shader -Chavent, M., Vanel, A., Tek, A., Levy, B., Robert, S., Raffin, B., & Baaden, M. (2011). Hyperballs를 사용한 GPU-Accelerated Atom 및 동적 결합 시각화 : 볼, 스틱 및 쌍곡선에 대한 통합 알고리즘. 전산 화학 저널, 32 (13), 2924–35. doi : 10.1002/jcc.21861
- Mol* - CIF 및 BinaryCIF 파일을 파싱하기 위해 -David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Borley, Alexander S Rose : MOL* 시청자를위한 현대 웹 앱 및 MOLOCERAN, MOLECOREN의 3D Web App. 산성 연구, 2021. doi : 10.1093/nar/gkab31.
자금 출처 :
- 보조금에 의한 RCSB PDB 자금 [DBI-1338415; PI : Sk Burley] NSF, NIH 및 US DOE에서
- NCI/NIH Award 번호 U01 CA198942
- DFG PROJEKT HI 1502
인용문
NGL을 사용할 때는 다음과 같이 인용하십시오.
- Rose, Ar Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, Prlić 및 PW Rose로서. NGL 뷰어 : 큰 단지를위한 웹 기반 분자 그래픽. 생물 정보학 : BTY419, 2018. doi : 10.1093/bioinformatics/bty419
- Rose와 PW Hildebrand로. NGL 뷰어 : 분자 시각화를위한 웹 응용 프로그램. Nucl acids res (2015 년 7 월 1 일) 43 (W1) : W576-W579 온라인에서 처음 게시. 2015 년 4 월 29 일. Doi : 10.1093/NAR/GKV402
