Niivue
O Niivue é uma ferramenta de visualização baseada na Web para neuroimagem que pode ser executada em qualquer sistema operacional e em qualquer dispositivo da Web (telefone, tablet, computador). Esse repositório contém apenas o pacote Niivue principal que pode ser incorporado a outros projetos. Temos repositórios adicionais que envolvem o Niivue para uso em notebooks, vscode e eletrônicos de Jupyter.
Notícias
O aplicativo Niivue iOS já está disponível no iPhone e iPad.
Clique aqui para ver as demos ao vivo Niivue
O que torna o Niivue único é sua capacidade de exibir simultaneamente todos os tipos de dados populares entre neuroimagem: voxels, malhas, tractografia simplifica, mapas estatísticos e conectomes. As ferramentas da Web baseadas em voxel alternativas incluem AMI, Web Bioimage Suite, Brainbrowser, Nifti-Drop, OHIF DICOM Viewer, Papaya, VTK.JS e SLACEDROP.
Desenvolvimento local
Para executar um desenvolvimento de carregamento a quente que é atualizado sempre que você economiza alterações em quaisquer arquivos de origem, você pode executar:
git clone [email protected]:niivue/niivue.git
cd niivue
npm install
npm run dev
A npm run demo minificará o projeto e hospedará localmente todas as demos ao vivo. O arquivo desenvolve.md fornece mais detalhes para os desenvolvedores.
Documentação do desenvolvedor
Clique aqui para a página da web do Docs
Projetos e pessoas que usam Niivue
- Análise de neuróimagens funcionais (AFNI) Core de computação científica e estatística (Institutos Nacionais de Saúde)
- Os plugins de processamento de imagem Boostlet.js funcionam com o Niivue.
- A correção usa o Niivue para sua segmentação de arrastar e soltar, ferramenta de extração cerebral e parceria
- Brainlife.io integra niivue aos ezbids
- Cactas da equipe de Daniel Haehn estão estendendo os recursos de desenho e segmentação do Niivue
- Chris Research Integration System (Chris) do Boston Children's Hospital usa Niivue
- Centro de Estudo da Afasia Recuperação (C-Star) (Universidade da Carolina do Sul)
- Banco cerebral digital para navegar conjuntos de dados de ressonância magnética
- Biblioteca de software da FMRIB (FSL) Wellcome Center for Integrative Neuroimaging (University of Oxford)
- Laboratórios FreeSurfer para neuroimagem computacional (Hospital Geral de Massachusetts) usa Niivue para Freebrowse
- OpenNeuro.org usa o niivue para visualizar conjuntos de dados
- O Neurodesk usa o Niivue para seu QSMXT Quantitative Susceptibilidade Mapeando Caixa de Ferramentas
- O grupo de pesquisa e desenvolvimento de neuroinformática incorpora Niivue no Tracoscópio
- Nilearn está estendendo o ipyniivue
- Niivue-vscode é uma extensão do VSCode para exibir imagens
- Quantco está usando o Niivue em fluxos de trabalho de imagem médica
- A FSL Clinical está usando o Niivue em relatórios de imagem cerebral
- Brain2Print (da equipe Niivue) usa o Niivue para mostrar dados de volume e malhas convertidas
- CT2Print (da equipe Niivue) usa o Niivue para mostrar dados de volume e malha
- Ipyniivue permite que o Niivue seja usado em notebooks Jupyter
- O T2lesion (da equipe Niivue) usa o Niivue para mostrar dados de entrada e máscaras de lesão segmentadas
- Niivue Desktop (da equipe Niivue) usa o Niivue em um aplicativo Electron Crossplatform
- Niivue iOS (da equipe Niivue) usa o Niivue em um aplicativo móvel híbrido Swift + WebView
- Niivue Neglight usa o Niivue para visualizar dados de lesão de AVC na ferramenta de previsão de gravidade da negligência espacial
- Plurimedia usa o Niivue no trabalho do cliente para visualização de imagem médica
Financiamento
- 2021-2022 P50 DC014664 NIH NIDCD NÃO-OD-21-091
- 2023-2026 RF1 MH133701 NIH NIMH
Formatos suportados
Niivue suporta muitos formatos populares de imagem cerebral:
- Formatos baseados em voxel: Nifti, NRRD, MrTrix MIF, Afni Head/Brik, MGH/MGZ, ITK MHD, ECAT7, DSI-STUDIO SRC.
- Formatos baseados em malha: GRESTI, ASC, BYU/GEO/G, DFS BRAINGSUITE, ICO/TRI, PLY, Brainnet NV, BrainVoyager SRF, FreeSurfer, MZ3, Off, Onda OBJ, STL, Legacy VTK, X3D.
- Formatos de sobreposição de malha: GRESTI, CIFTI-2, MZ3, SMP, STC, FreeSurfer (Curv/Annot)
- Formatos de Tractografia: TCK, TRK, TRX, TSF, TT, VTK, Afni .Niml.Tract
- DiCom: Dicom e Dicom manifesta
