Niivue
Niivue es una herramienta de visualización basada en la web para neuroimagen que puede ejecutarse en cualquier sistema operativo y cualquier dispositivo web (teléfono, tableta, computadora). Este repositorio contiene solo el paquete niivue central que puede integrarse en otros proyectos. Tenemos repositorios adicionales que envuelven Niivue para su uso en cuadernos Jupyter, Vscode y aplicaciones de electrones.
Noticias
La aplicación Niivue iOS ahora está disponible en iPhone y iPad.
Haga clic aquí para ver Niivue Live Demos
Lo que hace que Niivue sea único es su capacidad para mostrar simultáneamente todos los tipos de datos populares entre la neuroimagen: vóxeles, mallas, líneas de transmisión de tractografía, mapas estadísticos y conectomas. Las herramientas web alternativas basadas en Voxel incluyen AMI, Bioimage Suite Web, Brainbrowser, Nifti-Drop, Ohif Dicom Viewer, Papaya, VTK.JS y Sledrop.
Desarrollo local
Para ejecutar un desarrollo de carga caliente que se actualiza cada vez que guarda cambios en cualquier archivo fuente, puede ejecutar:
git clone [email protected]:niivue/niivue.git
cd niivue
npm install
npm run dev
La npm run demo minificará el proyecto y organizará localmente todas las demostraciones en vivo. El archivo Develop.MD proporciona más detalles para los desarrolladores.
Documentación del desarrollador
Haga clic aquí para ver la página web de Docs
Proyectos y personas que usan niivue
- Análisis de las neuroimages funcionales (AFNI) Core de computación científica y estadística (Institutos Nacionales de Salud)
- Los complementos de procesamiento de imágenes Boostlet.js funcionan con Niivue.
- BrainChop utiliza Niivue para su segmentación de arrastre y gota, extracción cerebral y herramienta de parcelación
- BrainLife.io integra Niivue en Ezbids
- Las cactas del equipo de Daniel Haehn están extendiendo las capacidades de dibujo y segmentación de Niivue
- Chris Research Integration System (Chris) del Boston Children's Hospital utiliza Niivue
- Centro para el Estudio de Recoveria de Afasia (C-Star) (Universidad de Carolina del Sur)
- Digital Brain Bank para navegar por conjuntos de datos de resonancia magnética
- FMRIB's Software Library (FSL) Wellcome Center for Integrative Neuroimaging (Universidad de Oxford)
- Freesurfer Laboratories para neuroimagen computacional (Hospital General de Massachusetts) utiliza Niivue para FreeBrowse
- OpenNeuro.org usa Niivue para visualizar conjuntos de datos
- Neurodesk utiliza Niivue para su caja de herramientas de mapeo de susceptibilidad cuantitativa QSMXT
- El grupo de investigación y desarrollo de neuroinformáticos incorpora a Niivue en el tracoscopio
- nilearn está extendiendo ipyniivue
- Niivue-VScode es una extensión VScode para mostrar imágenes
- Quantco está utilizando Niivue en flujos de trabajo de imágenes médicas
- FSL Clinical está utilizando Niivue en informes de imágenes cerebrales
- Brain2Print (del equipo de Niivue) usa Niivue para mostrar datos de volumen y mallas convertidas
- CT2Print (del equipo de Niivue) usa Niivue para mostrar datos de volumen y malla
- Ipyniivue permite que Niivue se use en los cuadernos Jupyter
- T2Lesion (del equipo de Niivue) utiliza Niivue para mostrar datos de entrada y máscaras de lesión segmentadas
- Niivue Desktop (del equipo de Niivue) usa Niivue en una aplicación de electrones de plataforma cruzada
- Niivue iOS (del equipo de Niivue) usa Niivue en una aplicación móvil híbrida Swift + WebView
- La negligencia de Niivue utiliza Niivue para visualizar los datos de la lesión del accidente cerebrovascular en la herramienta de predicción de gravedad de negligencia espacial
- Plurimedia usa Niivue en el trabajo del cliente para la visualización de imágenes médicas
Fondos
- 2021-2022 P50 DC014664 NIH NIDCD NO-OD-21-091
- 2023-2026 RF1 MH133701 NIH NIMH
Formatos compatibles
Niivue admite muchos formatos populares de imágenes cerebrales:
- Formatos basados en Voxel: NIFTI, NRRD, MRTRIX MIF, AFNI Head/Brik, MGH/MGZ, ITK MHD, ECAT7, DSI-Studio SRC.
- Formatos basados en malla: Gifti, ASC, BYU/GEO/G, Brainsuite DFS, ICO/TRI, Sly, Brainnet NV, BrainVoyager SRF, Freesurfer, MZ3, Off, Wavefront OBJ, STL, Legacy VTK, X3D.
- Formatos de superposición de malla: Gifti, Cifti-2, MZ3, SMP, STC, Freesurfer (curv/anot)
- Formatos de tractografía: TCK, TRK, TRX, TSF, TT, VTK, AFNI .NIML.TRACT
- DICOM: se manifiesta DICOM y DICOM
