Niivue
NIIVUE adalah alat visualisasi berbasis web untuk neuroimaging yang dapat berjalan pada sistem operasi apa pun dan perangkat web apa pun (telepon, tablet, komputer). Repositori ini hanya berisi paket inti Niivue yang dapat disematkan ke dalam proyek lain. Kami memiliki repositori tambahan yang membungkus niivue untuk digunakan dalam notebook Jupyter, vscode, dan aplikasi elektron.
Berita
Aplikasi Niivue iOS sekarang tersedia di iPhone dan iPad.
Klik di sini untuk melihat demo Live Niivue
Apa yang membuat NIIVUE unik adalah kemampuannya untuk secara bersamaan menampilkan semua tipe data yang populer dengan neuroimaging: voxels, jerat, perampingan traktografi, peta statistik dan connectomes. Alat web alternatif berbasis voxel termasuk AMI, web suite bioimage, brainbrowser, nifti-drop, ohif dicom viewer, pepaya, vtk.js, dan slicedrop.
Pengembangan Lokal
Untuk menjalankan pengembangan pemuatan panas yang diperbarui setiap kali Anda menyimpan perubahan pada file sumber apa pun, Anda dapat menjalankan:
git clone [email protected]:niivue/niivue.git
cd niivue
npm install
npm run dev
Perintah npm run demo akan meminimalkan proyek dan secara lokal meng -host semua demo langsung. File Develop.MD memberikan detail lebih lanjut untuk pengembang.
Dokumentasi Pengembang
Klik di sini untuk halaman web Docs
Proyek dan orang yang menggunakan niivue
- Analisis Neuroimages Fungsional (AFNI) Inti Komputasi Ilmiah dan Statistik (National Institutes of Health)
- Boostlet.js Plugin pemrosesan gambar bekerja dengan NIIVUE.
- Brainchop menggunakan NIIVUE untuk segmentasi drag-and-drop mereka, ekstraksi otak dan alat parcellation
- Brainlife.io mengintegrasikan niivue ke dalam ezbids
- Cacta dari tim Daniel Haehn memperluas kemampuan menggambar dan segmentasi niivue
- Chris Research Integration System (Chris) dari Boston Children's Hospital menggunakan Niivue
- Pusat Studi Pemulihan Aphasia (C-Star) (University of South Carolina)
- Bank otak digital untuk menavigasi dataset MRI
- Pusat Wellcome Library Perpustakaan Perangkat Lunak (FSL) untuk Neuroimaging Integratif (Universitas Oxford)
- Laboratorium Freesurfer untuk Neuroimaging Komputasi (Rumah Sakit Umum Massachusetts) menggunakan Niivue untuk freebrowse
- Openneuro.org menggunakan niivue untuk memvisualisasikan kumpulan data
- Neurodesk menggunakan Niivue untuk kotak alat pemetaan kerentanan kuantitatif QSMXT mereka
- Kelompok Penelitian dan Pengembangan Neuroinformatika Menanamkan niivue di traktoskop
- Nilearn memperluas ipyniivue
- Niivue-VScode adalah ekstensi vscode untuk menampilkan gambar
- Quantco menggunakan niivue dalam alur kerja pencitraan medis
- FSL Clinical menggunakan niivue dalam laporan pencitraan otak
- Brain2print (dari tim NIIVUE) menggunakan NIIVUE untuk menunjukkan data volume dan jerat yang dikonversi
- CT2Print (dari tim NIIVUE) menggunakan NIIVUE untuk menunjukkan volume dan data mesh
- Ipyniivue memungkinkan niivue untuk digunakan di jupyter notebooks
- T2Lesion (dari tim NIIVUE) menggunakan NIIVUE untuk menunjukkan data input dan topeng lesi tersegmentasi
- NIIVUE Desktop (dari tim Niivue) menggunakan Niivue dalam aplikasi elektron crossplatform
- Niivue iOS (dari tim NIIVUE) menggunakan niivue dalam aplikasi seluler hybrid swift + webview
- Pengabaian Niivue menggunakan Niivue untuk memvisualisasikan data lesi stroke dalam alat prediksi keparahan pengabaian spasial
- Plurimedia Menggunakan Niivue dalam Pekerjaan Klien untuk Visualisasi Gambar Medis
Pendanaan
- 2021-2022 P50 DC014664 NIH NIDCD Not-OD-21-091
- 2023-2026 RF1 MH133701 NIH NIMH
Format yang didukung
NIIVUE mendukung banyak format pencitraan otak populer:
- Format berbasis Voxel: Nifti, NRRD, Mrtrix MIF, AFNI Head/Brik, MGH/MGZ, ITK MHD, ECAT7, DSI-Studio Src.
- Format berbasis mesh: Hadiah, ASC, BYU/GEO/G, DF BRAINSUITE, ICO/TRI, PLY, Brainnet NV, Brainvoyager SRF, Freesurfer, MZ3, OFF, Wavefront OBJ, STL, Legacy VTK, X3D.
- Format Overlay Mesh: Hadiah, Cifti-2, MZ3, SMP, STC, Freesurfer (Curv/Annot)
- Format traktografi: tck, trk, trx, tsf, tt, vtk, afni .niml.trak
- DICOM: DICOM dan DICOM bermanifestasi
