Niivue
Niivue est un outil de visualisation sur le Web pour la neuroimagerie qui peut fonctionner sur n'importe quel système d'exploitation et tout appareil Web (téléphone, tablette, ordinateur). Ce référentiel ne contient que le package NiiVue de base qui peut être intégré à d'autres projets. Nous avons des référentiels supplémentaires qui enveloppent Niivue pour une utilisation dans les applications Jupyter Notebook, VSCODE et Electron.
Nouvelles
L'application Niivue iOS est maintenant disponible sur iPhone et iPad.
Cliquez ici pour voir les démos en direct niivue
Ce qui rend Niivue unique, c'est sa capacité à afficher simultanément tous les datatypes populaires auprès de la neuroimagerie: voxels, maillages, rationaux de tractographie, cartes statistiques et connexion. Les outils Web alternatifs basés sur des voxels incluent AMI, Bioimage Suite Web, Brainbrowser, Nifti-Drop, Ohif DICOM Viewer, Papaya, VTK.js et Specedrop.
Développement local
Pour exécuter un développement de chargement à chaud qui est mis à jour chaque fois que vous enregistrez des modifications dans n'importe quel fichier source, vous pouvez exécuter:
git clone [email protected]:niivue/niivue.git
cd niivue
npm install
npm run dev
La npm run demo minivera le projet et hébergera localement toutes les démos en direct. Le fichier de développement.md fournit plus de détails pour les développeurs.
Documentation du développeur
Cliquez ici pour la page Web des documents
Projets et personnes utilisant Niivue
- Analyse des neuroimages fonctionnels (AFNI) Core informatique scientifique et statistique (National Institutes of Health)
- Les plugins de traitement d'image boostlet.js fonctionnent avec Niivue.
- Brainchop utilise Niivue pour leur segmentation de traînée et de glisser, l'extraction du cerveau et l'outil de parcellation
- BrainLife.io intègre le niivue dans les ezbids
- Les cacas de l'équipe de Daniel Haehn prolongent les capacités de dessin et de segmentation niivue
- Chris Research Integration System (Chris) du Boston Children's Hospital utilise Niivue
- Centre pour l'étude de l'aphasia Recovery (C-star) (Université de Caroline du Sud)
- Banque de cerveau numérique pour naviguer dans des ensembles de données IRM
- FMRIB's Software Library (FSL) Wellcome Center for Integrative Neuroimaging (Université d'Oxford)
- Freesurfer Laboratories for Computational Neuroimaging (Massachusetts General Hospital) utilise Niivue pour Freebrowse
- OpenNeuro.org utilise niivue pour visualiser les ensembles de données
- Neurodesk utilise Niivue pour leur boîte à outils de cartographie de sensibilité quantitative QSMXT
- Le groupe de recherche et de développement en neuroinformatique intégre Niivue dans le tractoscope
- Nilearn étend Ipyniivue
- Niivue-vscode est une extension VScode pour afficher des images
- Quantco utilise Niivue dans les workflows d'imagerie médicale
- FSL Clinical utilise Niivue dans les rapports d'imagerie cérébrale
- Brain2print (de l'équipe Niivue) utilise Niivue pour afficher les données de volume et les mailles converties
- CT2Print (de l'équipe Niivue) utilise Niivue pour afficher les données de volume et de maillage
- Ipyniivue permet à Niivue d'être utilisé dans les cahiers Jupyter
- T2lesion (de l'équipe Niivue) utilise Niivue pour montrer les données d'entrée et les masques de lésions segmentées
- Niivue Desktop (de l'équipe Niivue) utilise Niivue dans une application d'électron Crossplatform
- Niivue iOS (de l'équipe Niivue) utilise Niivue dans une application mobile hybride Swift + WebView
- Niivue Neglect utilise niivue pour visualiser les données de lésion de l'AVC dans l'outil de prédiction de gravité de la négligence spatiale
- Plurimedia utilise le niivue dans le travail client pour la visualisation de l'image médicale
Financement
- 2021-2022 P50 DC014664 NIH NIDCD NOT-OD-21-091
- 2023-2026 RF1 MH133701 NIH NIMH
Formats pris en charge
Niivue soutient de nombreux formats d'imagerie cérébrale populaires:
- Formats à base de voxels: NIFTI, NRRD, MRTRIX MIF, AFNI Head / Brik, MGH / MGZ, ITK MHD, ECAT7, DSI-Studio SRC.
- Formats basés sur un maillage: Gifti, ASC, BYU / GEO / G, BRAINSuite DFS, ICO / TRI, PLY, BrainNet NV, BrainVoyager SRF, Freesurfer, MZ3, OFF, Wavefront Obj, STL, Legacy VTK, X3D.
- Formats de superposition de maille: Gifti, cifti-2, MZ3, SMP, STC, Freesurfer (Curv / Annot)
- Formats de tractographie: TCK, TRK, TRX, TSF, TT, VTK, AFNI .NIML.TRAT
- DICOM: DICOM et DICOM manifeste
