Niivue
Niivue-это веб-инструмент визуализации для нейровизуализации, который может работать в любой операционной системе и любого веб-устройства (телефон, планшет, компьютер). Этот репозиторий содержит только основной пакет Niivue , который может быть включен в другие проекты. У нас есть дополнительные репозитории, которые обертывают Niivue для использования в ноутбуках Jupyter, VSCODE и электронных приложениях.
Новости
Приложение Niivue iOS теперь доступно на iPhone и iPad.
Нажмите здесь, чтобы увидеть Live Demos Niivue
Что делает Niivue уникальным, так это способность одновременно отображать все данные дата, популярные среди нейровизуализации: воксели, сетки, трактография, оптимионы, статистические карты и разъединения. Альтернативные веб-инструменты на основе вокселей включают AMI, BioImage Suite Web, Brainbrowser, Nifti-Drop, Ohif Dicom Viewer, Papaya, Vtk.js и SlickedRop.
Местное развитие
Чтобы запустить разработку горячей загрузки, которая обновляется всякий раз, когда вы сохраняете изменения в любых исходных файлах, вы можете запустить:
git clone [email protected]:niivue/niivue.git
cd niivue
npm install
npm run dev
npm run demo запустит проект и располагает все живые демонстрации. Файл Develop.md предоставляет более подробную информацию для разработчиков.
Документация разработчика
Нажмите здесь для веб -страницы DOCS
Проекты и люди, использующие niivue
- Анализ функциональных нейроизумов (AFNI) научных и статистических вычислительных ядра (Национальные институты здравоохранения)
- Boostlet.js обработка обработки обработки работы работают с Niivue.
- Brainchop использует Niivue для их сегментации перетаскивания, извлечения мозга и пауклета
- BrainLife.io интегрирует Niivue в ezbids
- Техи из команды Даниэля Хэна расширяют возможности рисования и сегментации Niivue
- Система интеграции исследований Криса (Крис) из Бостонской детской больницы использует Niivue
- Центр изучения восстановления афазии (C-Star) (Университет Южной Каролины)
- Цифровой банк мозга для навигации на наборы данных МРТ
- Библиотека программного обеспечения FMRIB (FSL) Центр интегративного нейровизуализации (Оксфордский университет)
- FreeSurfer Laboratories для вычислительного нейровизуализации (Massachusetts General Hospital) использует Niivue для Freebrowse
- Openneuro.org использует Niivue для визуализации наборов данных
- Neurodesk использует Niivue для их инструментарии QSMXT Количество
- Нейроинформатические исследования и разработки группа встраивает Niivue в трактоскоп
- Nilearn расширяет ipyniivue
- Niivue-Vscode-это расширение VSCODE для отображения изображений
- Quantco использует Niivue в рабочих процессах медицинской визуализации
- FSL Clinical использует Niivue в отчетах о визуализации мозга
- Brain2print (из команды Niivue) использует Niivue для показа как данных, так и конвертированных сетей
- CT2print (из команды Niivue) использует Niivue для показаний объема и сетки
- ipyniivue позволяет использовать Niivue в ноутбуках Юпитера
- T2Lesion (из команды Niivue) использует Niivue для показа входных данных и сегментированных масок поражения
- Niivue Desktop (из команды Niivue) использует Niivue в приложении Crossplatform Electron
- Niivue iOS (из команды Niivue) использует Niivue в гибридном мобильном приложении Swift + WebView
- Niivue Parnect использует Niivue для визуализации данных о поражении инсульта в инструменте прогнозирования тяжести пространственного пренебрежения
- Plurimedia использует Niivue в работе с клиентом для визуализации медицинского изображения
Финансирование
- 2021-2022 P50 DC014664 NIH NIDCD NOT-OD-21-091
- 2023-2026 RF1 MH133701 NIH NIMH
Поддерживаемые форматы
Niivue поддерживает многие популярные форматы визуализации мозга:
- Форматы на основе вокселей: Nifti, NRRD, Mrtrix MIF, Afni Head/Brik, MGH/MGZ, ITK MHD, ECAT7, DSI-Studio SRC.
- Форматы на основе сетки: Gifti, ASC, BYU/GEO/G, Brainsuite DFS, ICO/TRI, Ply, Brainnet NV, Brainvoyager SRF, Freesurfer, MZ3, OFF, Wavefront OBJ, STL, Legacy VTK, X3D.
- Форматы наложения сетки: подарочные, CIFTI-2, MZ3, SMP, STC, Freesurfer (Curv/Annot)
- Форматы трактографии: TCK, TRK, TRX, TSF, TT, VTK, AFNI .NIML.TRACT
- DICOM: DICOM и DICOM MANIFESTS
