Unduh catELMo - Unduh Kode Sumber catELMo

catELMo

Kode Sumber AI

1.0.0

Unduh

Konteks-Aware Amino Acid Embedding Advances Analisis Interaksi TCR-Epitope

Catelmo adalah model embedding asam amino dua arah yang mempelajari representasi asam amino kontekstual, memperlakukan asam amino sebagai kata dan urutan sebagai kalimat. Ia mempelajari pola urutan asam amino dengan sinyal persiapan sendiri, dengan memprediksi masing-masing token asam amino berikutnya yang diberikan token sebelumnya. Telah dilatih pada 4.173.895 TCR $ beta $ Urutan CDR3 (52 juta token asam amino) dari ImmunoseQ. Catelmo menghasilkan vektor representasi bernilai nyata untuk urutan asam amino, yang dapat digunakan sebagai fitur input dari berbagai tugas hilir. Ini adalah implementasi resmi Catelmo.

Ringkasan

Publikasi

Konteks-Aware Amino Acid Embedding Advances Analisis Interaksi TCR-Epitope
Pengfei Zhang ^1,2 , Michael Cai ^1,2 , Seojin Bang ² , Heewook Lee ^1,2
¹ Sekolah Komputasi dan Augmented Intelligence, Arizona State University, ² Biodesign Institute, Arizona State University
Diterbitkan di: Elife, 2023.

Kertas | Kode | Poster | Slide | Presentasi (YouTube)

Dependensi

Linux
Python 3.6.13
Keras 2.6.0
TensorFlow 2.6.0

Langkah-langkah untuk melatih model prediksi afinitas yang mengikat untuk pasangan TCR-epitope.

1. Kloning repositori

git clone https://github.com/Lee-CBG/catELMo
cd catELMo/
conda create --name bap python=3.6.13
pip install pandas==1.1.5 tensorflow==2.6.0 keras==2.6.0 scikit-learn==0.24.2 tqdm
source activate bap

2. Siapkan pasangan TCR-Epitope untuk pelatihan dan pengujian

Unduh Data Pelatihan dan Pengujian dari Folder datasets .
Dapatkan embeddings untuk TCR dan epitop mengikuti instruksi dari Folder embedders .

3. Model Latih dan Uji

Contoh untuk split epitope

python -W ignore bap.py 
                --embedding catELMo_4_layers_1024 
                --split epitope 
                --gpu 0 
                --fraction 1 
                --seed 42

Kutipan

Jika Anda menggunakan kode ini atau menggunakan catelmo kami untuk penelitian Anda, silakan kutip makalah kami:

 @article {catelmobiorxiv,
	author = {Pengfei Zhang and Seojin Bang and Michael Cai and Heewook Lee},
	title = {Context-Aware Amino Acid Embedding Advances Analysis of TCR-Epitope Interactions},
	elocation-id = {2023.04.12.536635},
	year = {2023},
	doi = {10.1101/2023.04.12.536635},
	publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
	journal = {bioRxiv}
}