gwasTools

Gwastools

Eine Sammlung von R -Skripten, die nützlich sein könnten, um GWAS -Ergebnisse zu zeichnen.

Die folgenden R -Pakages müssen für das Ausführen dieser Rscripts installiert werden:

optParse, data.table, rcolorbrewer, Plotrix, PWR, MAP2NCBI, BasicPlotter, devtools devtools :: install_github ('josephcrispell/BasicPlotter')

QQ -Diagramm

Frequenzdurchmesser und verdünntes QQ -Diagramm.

Bitte überprüfen Sie die erforderlichen/verfügbaren Rscript -Parameter mit dem folgenden Befehl

 Rscript QQplot.r --help

Manhattan -Verschwörung

Schnelles Manhattan -Handlungskript. Bitte überprüfen Sie die erforderlichen/verfügbaren Rscript -Parameter mit dem folgenden Befehl

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80% Power -Diagramm

80% Leistungsdiagramme basierend auf der Berechnung der Effektgrößenberechnung von Cohen für Proportionen, wie im 'PWR' R -Paket implementiert

 Rscript PowerPlot.r --help

Minimal/Beispiel -Eingabeformat für QQ- und Manhattan -Diagramme

Chrom	Pos	Maf	Pvalue
1	1	0,05	0,99
2	2	0,15	0,1
3	3	0,5	0,25

Beispiele (aus der Befehlszeile ausführen):

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8