gwasTools

gwastools

GWASの結果をプロットするのに役立つかもしれないRスクリプトのコレクション。

これらのrscriptを実行するために、次のRパークをインストールする必要があります。

optparse、data.table、rcolorbrewer、plotrix、pwr、map2ncbi、basicplotter、devtools devtools :: install_github（ 'josephcrispell/basicplotter'）

QQプロット

周波数は、QQプロットをビンし、薄くしました。

次のコマンドを使用して、必要な/利用可能なrscriptパラメーターをチェックしてください

 Rscript QQplot.r --help

マンハッタンプロット

高速マンハッタンプロットスクリプト。次のコマンドを使用して、必要な/利用可能なrscriptパラメーターをチェックしてください

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80％の電源プロット

「PWR」Rパッケージに実装されている割合のコーエンの効果サイズの計算に基づく80％の電源プロット

 Rscript PowerPlot.r --help

QQおよびManhattanプロットの最小/例入力形式

クロム	Pos	MAF	pValue
1	1	0.05	0.99
2	2	0.15	0.1
3	3	0.5	0.25

例（コマンドラインから実行）：

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8