gwasTools

Gwastools

Коллекция сценариев R, которая может быть полезна для построения результатов GWAS.

Для запуска этих RSCRIPTS необходимо установить следующие R -пакеги:

optparse, data.table, rcolorbrewer, plotrix, pwr, map2ncbi, basicplotter, devtools devtools :: install_github ('josephcrispell/basicplotter')

QQ Сюжет

Частота сгибается и разбавлена график QQ.

Пожалуйста, ознакомьтесь с необходимыми/доступными параметрами RSICT с помощью следующей команды

 Rscript QQplot.r --help

Манхэттенский сюжет

Быстрый сценарий сюжета Манхэттена. Пожалуйста, ознакомьтесь с необходимыми/доступными параметрами RSICT с помощью следующей команды

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80% силовой график

80% участки питания на основе расчета размера эффекта Коэна для пропорций, как это реализовано в пакете «PWR».

 Rscript PowerPlot.r --help

Минимальный/пример входного формата для участков QQ и Манхэттена

Хрома	Поступок	Маф	Пари
1	1	0,05	0,99
2	2	0,15	0,1
3	3	0,5	0,25

Примеры (запустить из командной строки):

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8