gwasTools

gwastools

Una colección de scripts R que podría ser útil para trazar los resultados de GWAS.

Se deben instalar los siguientes R Pakages para ejecutar estos RScripts:

OptParse, Data.Table, RColorBrewer, Plotrix, PWR, MAP2NCBI, Basicplotter, DevTools DevTools :: Install_github ('Josephcrispell/Basicplotter')

Trama QQ

Gráfico de QQ agrupado y diluido de frecuencia.

Consulte los parámetros RScript requeridos/disponibles utilizando el siguiente comando

 Rscript QQplot.r --help

Trama de Manhattan

Script rápido de la trama de Manhattan. Consulte los parámetros RScript requeridos/disponibles utilizando el siguiente comando

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80% Potencia Parcela

Gráficos de potencia del 80% basados en el cálculo del tamaño del efecto de Cohen para las proporciones implementadas en el paquete 'PWR' R

 Rscript PowerPlot.r --help

Formato de entrada mínimo/de ejemplo para las parcelas QQ y Manhattan

Cromo	Pajita	Maf	Pvalor
1	1	0.05	0.99
2	2	0.15	0.1
3	3	0.5	0.25

Ejemplos (ejecutar desde la línea de comandos):

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8