gwasTools

gwastools

Une collection de scripts R qui pourraient être utiles pour tracer les résultats GWAS.

Les P-pakages suivants doivent être installés pour exécuter ces rscripts:

OptParse, Data.Table, RcolorBrewer, Plotrix, PWR, MAP2NCBI, BasicPlotter, Devtools Devtools :: install_github ('Josephcrispell / BasicPlotter')

Plot QQ

Fréquence Bacned et aminciez le tracé QQ.

Veuillez consulter les paramètres RScript requis / disponibles en utilisant la commande suivante

 Rscript QQplot.r --help

Terrain de Manhattan

Script Fast Manhattan Plot. Veuillez consulter les paramètres RScript requis / disponibles en utilisant la commande suivante

 Rscript ManhattanPlot.r --help

Terrain de puissance à 80%

80% PLOCES PUIVENTS BASÉE SUR LE CALLACTION DE LA TAILLE EFFET DE COHEN POUR LES PROPORTIONS APPRÉPLÉS DANS LE POUR LE POURCE 'R' R

 Rscript PowerPlot.r --help

Format d'entrée minimal / exemple pour les tracés QQ et Manhattan

Chrom	Point de point	MAF	Pvalue
1	1	0,05	0,99
2	2	0,15	0.1
3	3	0,5	0,25

Exemples (exécuter à partir de la ligne de commande):

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8