gwasTools

Gwastools

คอลเลกชันของสคริปต์ R ที่อาจเป็นประโยชน์ในการพล็อตผลลัพธ์ GWAS

ต้องติดตั้ง r pakages ต่อไปนี้เพื่อเรียกใช้ rscripts เหล่านี้:

OptParse, data.table, rcolorbrewer, plotrix, pwr, map2ncbi, basicplotter, devtools devtools :: install_github ('josephcrispell/masicalplotter')

พล็อต QQ

ความถี่ binned และ plot qq ที่บาง

โปรดตรวจสอบพารามิเตอร์ rscript ที่ต้องการ/พร้อมใช้งานโดยใช้คำสั่งต่อไปนี้

 Rscript QQplot.r --help

พล็อตแมนฮัตตัน

สคริปต์พล็อตแมนฮัตตันเร็ว โปรดตรวจสอบพารามิเตอร์ rscript ที่ต้องการ/พร้อมใช้งานโดยใช้คำสั่งต่อไปนี้

 Rscript ManhattanPlot.r --help

พล็อตพลังงาน 80%

พล็อตพลังงาน 80% ขึ้นอยู่กับการคำนวณขนาดเอฟเฟกต์ของโคเฮนสำหรับสัดส่วนที่ใช้ในแพ็คเกจ 'PWR'

 Rscript PowerPlot.r --help

รูปแบบอินพุตน้อยที่สุด/ตัวอย่างสำหรับ QQ และ Manhattan Plots

โครม	POS	MAF	pvalue
1	1	0.05	0.99
2	2	0.15	0.1
3	3	0.5	0.25

ตัวอย่าง (เรียกใช้จากบรรทัดคำสั่ง):

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8