الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>باور بيلدر
تنزيل

Gwastools

مجموعة من البرامج النصية R التي قد تكون مفيدة لرسم نتائج GWAS.

يجب تثبيت شركات R التالية لتشغيل هذه RSCripts:

Optparse ، data.table ، rcolorbrewer ، plotrix ، pwr ، map2ncbi ، basicplotter ، devtools devtools :: install_github ('josephcrispell/basicplotter')

QQ مؤامرة

التردد binned و qq مؤامرة QQ.

يرجى مراجعة المعلمات RSCRIPT المطلوبة/المتاحة باستخدام الأمر التالي 

 Rscript QQplot.r --help

مؤامرة مانهاتن

سريع مانهاتن مؤامرة السيناريو. يرجى مراجعة المعلمات RSCRIPT المطلوبة/المتاحة باستخدام الأمر التالي 

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80 ٪ مؤامرة القوة

80 ٪ مؤامرات الطاقة بناءً على حساب حجم تأثير كوهين للنسب كما تم تنفيذها في حزمة "pwr" r 

 Rscript PowerPlot.r --help

الحد الأدنى/مثال تنسيق الإدخال لمؤامرات QQ و Manhattan

كروم نقاط البيع ماف pvalue
1 1 0.05 0.99
2 2 0.15 0.1
3 3 0.5 0.25

أمثلة (تشغيل من سطر الأوامر): 

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل