gwasTools

Gwastools

R腳本的集合可能對繪製GWAS結果有用。

需要安裝以下R Pakages來運行這些RScript：

optparse，data.table，rcolorbrewer，plotrix，pwr，map2ncbi，basisplotter，devtools devtools :: install_github（'josephcrispell/basticplotter'）

QQ圖

頻率bined and稀釋QQ圖。

請使用以下命令查看所需的/可用的RScript參數

 Rscript QQplot.r --help

曼哈頓情節

快速曼哈頓情節腳本。請使用以下命令查看所需的/可用的RScript參數

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80％電源圖

基於Cohen的效果尺寸計算的80％功率圖，如“ PWR” R軟件包中實現的比例計算

 Rscript PowerPlot.r --help

QQ和曼哈頓圖的最小/示例輸入格式

鉻	pos	MAF	PVALUE
1	1	0.05	0.99
2	2	0.15	0.1
3	3	0.5	0.25

示例（從命令行運行）：

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8