gwasTools

Gwastools

GWAS 결과를 플롯하는 데 유용 할 수있는 R 스크립트 모음.

이 rscriptts를 실행하려면 다음과 같은 파이 케를 설치해야합니다.

OptParse, data.table, rcolorbrewer, plotrix, pwr, map2ncbi, Basicplotter, DevTools DevTools :: install_github ( 'Josephcrispell/Basicplotter')

QQ 플롯

주파수 비인 및 얇은 QQ 플롯.

다음 명령을 사용하여 필수/사용 가능한 rscript 매개 변수를 확인하십시오.

 Rscript QQplot.r --help

맨해튼 음모

빠른 맨해튼 플롯 스크립트. 다음 명령을 사용하여 필수/사용 가능한 rscript 매개 변수를 확인하십시오.

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80% 파워 플롯

'pwr'r 패키지에 구현 된 비율에 대한 코헨의 효과 크기 계산을 기반으로 80% 파워 플롯

 Rscript PowerPlot.r --help

QQ 및 맨해튼 플롯의 최소/예 입력 형식

크롬	POS	Maf	PValue
1	1	0.05	0.99
2	2	0.15	0.1
3	3	0.5	0.25

예제 (명령 줄에서 실행) :

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8