gwasTools

gwastools

Uma coleção de scripts R que podem ser úteis para plotar os resultados do GWAS.

As seguintes pakagens R precisam ser instaladas para executar estes RScripts:

optparse, data.table, rcolorbrewer, plotrix, pwr, map2ncbi, basicplotter, devtools devtools :: install_github ('josephcrispell/básico')

Qq plot

Gráfico QQ em binned e reduzido de frequência.

Confira os parâmetros RScript necessários/disponíveis usando o seguinte comando

 Rscript QQplot.r --help

Ploco de Manhattan

Script de enredo rápido de Manhattan. Confira os parâmetros RScript necessários/disponíveis usando o seguinte comando

 Rscript ManhattanPlot.r --help

80% de plotagem de energia

80% de parcelas de energia com base no cálculo do tamanho de efeito de Cohen para proporções, conforme implementado no pacote 'PWR' R

 Rscript PowerPlot.r --help

Formato de entrada mínimo/exemplo para plotagens QQ e Manhattan

Chrom	POS	MAF	Pvalue
1	1	0,05	0,99
2	2	0,15	0.1
3	3	0,5	0,25

Exemplos (executados na linha de comando):

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8