gwasTools

Gwastools

Kumpulan skrip R yang mungkin berguna untuk merencanakan hasil GWAS.

Pakage berikut perlu diinstal untuk menjalankan rscript ini:

OptParse, data.table, rcolorbrewer, plotrix, pwr, map2ncbi, basicplotter, devtools devtools :: install_github ('josephcrispell/basicplotter')

Plot QQ

Frekuensi binned dan menipis plot QQ.

Silakan periksa parameter rscript yang diperlukan/tersedia dengan menggunakan perintah berikut

 Rscript QQplot.r --help

Plot Manhattan

Fast Manhattan Plot Script. Silakan periksa parameter rscript yang diperlukan/tersedia dengan menggunakan perintah berikut

 Rscript ManhattanPlot.r --help

Plot daya 80%

80% plot daya berdasarkan perhitungan ukuran efek Cohen untuk proporsi seperti yang diterapkan dalam paket 'PWR' R

 Rscript PowerPlot.r --help

Format input minimal/contoh untuk plot QQ dan Manhattan

Chrom	Pos	Maf	Pvalue
1	1	0,05	0.99
2	2	0,15	0.1
3	3	0,5	0.25

Contoh (jalankan dari baris perintah):

 Rscript QQplot.r 
--input ExampleGWAS.txt 
--prefix Example 
--maf MAF 
--pvalue PVALUE 
--maintitle 'An Example QQ plot'


# GWAS results from http://csg.sph.umich.edu/abecasis/public/amd2015/Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz
Rscript ManhattanPlot.r 
--input Fritsche_2015_AdvancedAMD.txt.gz 
--prefix Example 
--chr Chrom 
--pos Pos 
--pvalue GC.Pvalue 
--coltop T 
--maintitle 'Age-related macular degeneration (Fritsche et al. 2016)' 
--threads 8


Rscript PowerPlot.r 
--prefix Example 
--cases 500,1000,5000 
--controls 1000,2000,10000 
--minMAF 0.001 
--alpha 5E-8