ProRNA3D single

單序蛋白-RNA複雜結構通過生物語言模型的幾何注意配對預測

由Rahmatullah Roche，Sumit Tarafder和Debswapna Bhattacharya

[Biorxiv] [PDF]

我們的單序蛋白RNA複合結構預測方法Prorna3D單鍵的代碼庫。

安裝

1.）我們建議conda虛擬環境安裝prorna3d單個環境的依賴項。以下命令將創建一個名為“ prorna3d-single”的虛擬環境

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.）然後激活虛擬環境

conda activate ProRNA3D-single

3.）折疊腳本需要Pyrosetta，可以在這些啟動之後安裝。

4.）從此處下載訓練有素的模型，然後放置在ProRNA3D_model/

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

就是這樣！準備使用Prorna3D單壁。

用法

1.）將蛋白質和RNA單體（PDB）放入inputs/

2.）將ESM2嵌入在inputs/ （請參閱示例inputs/7ZLQB.rep_1280.npy ），然後將RNA-FM嵌入在inputs/ （請參閱此處的示例inputs/7ZLQC_RNA.npy ）。

3.）將蛋白質（ _Cα - _Cα ）距離映射放入prot_dist/ （示例prot_dist/7ZLQB_prot.dist ），然後將RNA（ _{C'4 -C'4} ）放置rna_dist/ （請參閱示例rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.dist ）。

4.）將目標列表放入文件inputs.list中。清單inputs/ 。

5.）運行

 python run_predictions.py

該腳本將運行推理並生成蛋白間 - RNA Inside Inside out_inter_rr/ 。然後，它將預測變成predictions/內部折疊的3D蛋白-RNA複合物結構

數據集

• 火車，驗證和測試集列表可在Datasets/內提供。
• 從PDB策劃的數據。