ProRNA3D single

幾何学的な注意有効化生物言語モデルによる単一シーケンスタンパク質-RNA複合体構造予測

Rahmatullah Roche、Sumit Tarafder、およびDebswapna Bhattacharya

[biorxiv] [pdf]

シングルシーケンスタンパク質-RNA複合体構造予測法のコードベースProRNA3D-Single。

インストール

1.）conda Virtual Environmentは、prona3d-singleの依存関係をインストールすることをお勧めします。次のコマンドは、「Prona3d-single」という名前の仮想環境を作成します

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.）次に、仮想環境をアクティブにします

conda activate ProRNA3D-single

3.）折りたたみスクリプトには、これらの施設に従ってインストールできるPyrosettaが必要です。

4.）ここから訓練されたモデルをダウンロードし、 ProRNA3D_model/内側に配置します

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

それでおしまい！ ProRNA3D-Singleを使用する準備ができています。

使用法

1.）タンパク質とRNAモノマー（PDB）をinputs/

2.）ESM2埋め込みをinputs/内に配置します（ inputs/7ZLQB.rep_1280.npyを参照）、RNA-FM埋め込みをinputs/内部に配置します（ここでinputs/7ZLQC_RNA.npy例を参照）。

3.） prot_dist/ （ prot_dist/7ZLQB_prot.dist例を参照）内部にタンパク質（Cα- _{cα ）}距離マップを配置し、 rna_dist/内にRNA（C ' ₄ -C' ₄ ）距離マップを配置します（ rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.distを参照）。

4.）inputs内部のファイルinputs.listにターゲットのリストをinputs/配置します。

5.）実行します

 python run_predictions.py

このスクリプトは、推論を実行し、タンパク質間RNA相互作用を生成しますout_inter_rr/ 。次に、予測をpredictions/

データセット

• 列車、検証、およびテストセットリストは、 Datasets/内で利用できます。
• PDBからキュレーションされたデータ。