ProRNA3D single - ProRNA3D single تنزيل

ProRNA3D single

كود الذكاء الاصطناعي

1.0.0

تنزيل

التنبؤ ببنية بروتين الحمض النووي الريبي أحادي التسلسل عن طريق الاقتران الهندسي الذي يدعم الانتباه نماذج اللغة البيولوجية

بقلم رحمة الله روش ، سوميت تارافدر ، وديبسوابنا بهاتشاريا

[Biorxiv] [PDF]

Codebase لطريقة التنبؤ البنية المعقدة للبروتين RNA التسلسل أحادي التسلسل ، PRORNA3D-single.

سير العمل

تثبيت

1.) نوصي بالبيئة الافتراضية كوندا لتثبيت التبعيات لـ PRORNA3D-Single. سيقوم الأمر التالي بإنشاء بيئة افتراضية تسمى "PRORNA3D-Single"

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.) ثم تفعيل البيئة الافتراضية

conda activate ProRNA3D-single

3.) يتطلب البرنامج النصي القابل للطي pyrosetta ، والذي يمكن تثبيته بعد هذه المؤسسات.

4.) قم بتنزيل النموذج المدرب من هنا ووضعه داخل ProRNA3D_model/

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

هذا كل شيء! Prorna3d-single جاهز للاستخدام.

الاستخدام

1.) ضع البروتين و Monomers RNA (PDBs) داخل inputs/

2.) ضع التضمينات ESM2 داخل inputs/ (انظر مثال inputs/7ZLQB.rep_1280.npy ) ، ووضع التضمينات RNA-FM داخل inputs/ (انظر مثال هنا inputs/7ZLQC_RNA.npy ).

3.) ضع خرائط البروتين (C _α -C _α ) داخل prot_dist/ (انظر مثال prot_dist/7ZLQB_prot.dist ) ، ووضع RNA (C ' ₄ -C' ₄ ) خرائط المسافة داخل rna_dist/ (انظر مثال rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.dist ).

4.) ضع قائمة الأهداف في ملفات الملف inputs.list القائمة داخل inputs/ .

5.) الجري

 python run_predictions.py

سيقوم هذا البرنامج النصي بتشغيل الاستدلال وإنشاء تفاعلات بين البروتين RNA داخل out_inter_rr/ . ثم سيحول التنبؤات إلى هياكل معقدة بروتين ثلاثي الأبعاد مطوي داخل predictions/