ProRNA3D single

Prediksi Struktur Kompleks Protein RNA Single-Sequence oleh Pasangan Model Bahasa Biologis yang Diaktifkan Geometris

oleh Rahmatullah Roche, Sumit Tarafder, dan Debswapna Bhattacharya

[biorxiv] [pdf]

Basis kode untuk metode prediksi struktur kompleks protein-RNA-sequence kami, prorna3D-single.

Instalasi

1.) Kami merekomendasikan lingkungan virtual Conda untuk menginstal dependensi untuk prorna3d-single. Perintah berikut akan menciptakan lingkungan virtual bernama 'prorna3d-single'

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.) Kemudian aktifkan lingkungan virtual

conda activate ProRNA3D-single

3.) Skrip lipat membutuhkan pyrosetta, yang dapat diinstal mengikuti instuksi ini.

4.) Unduh model terlatih dari sini dan tempatkan di dalam ProRNA3D_model/

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

Itu saja! Prorna3D-single siap digunakan.

Penggunaan

1.) Tempatkan monomer protein dan RNA (PDB) di dalam inputs/

2.) Tempatkan embeddings ESM2 di dalam inputs/ (lihat contoh inputs/7ZLQB.rep_1280.npy ), dan tempatkan input RNA-FM di dalam inputs/ (lihat contoh di sini inputs/7ZLQC_RNA.npy ).

3.) Tempatkan peta jarak protein (c _α -c _α ) di dalam prot_dist/ (lihat contoh prot_dist/7ZLQB_prot.dist ), dan tempatkan peta jarak RNA (C ' ₄ -C' ₄ ) di dalam rna_dist/ (lihat contoh rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.dist ).

4.) Masukkan daftar target dalam inputs.list file. Daftar di dalam inputs/ .

5.) Jalankan

 python run_predictions.py

Skrip ini akan menjalankan inferensi dan menghasilkan interaksi antar-protein-RNA di dalam out_inter_rr/ . Maka itu akan mengubah prediksi menjadi struktur kompleks protein-RNA 3D terlipat di dalam predictions/

Kumpulan data

• Daftar kereta, validasi, dan set tes tersedia di dalam Datasets/ .
• Data yang dikuratori dari PDB.