ProRNA3D single

Vorhersage von Einzelsequenzprotein-RNA-Komplexstruktur durch geometrische aufmerksamkeitsfähige Paarung biologischer Sprachmodelle

Von Rahmatullah Roche, Sumit Tarafder und Debswapna Bhattacharya

[Biorxiv] [PDF]

Codebasis für unsere Einzelsequenzprotein-RNA-Komplex-Struktur-Vorhersagemethode PRORNA3D-Single.

Installation

1.) Wir empfehlen Conda Virtual Environment, Abhängigkeiten für PRORNA3D-Single zu installieren. Der folgende Befehl erstellt eine virtuelle Umgebung mit dem Namen "PRORNA3D-Single"

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.) Dann die virtuelle Umgebung aktivieren

conda activate ProRNA3D-single

3.) Das Faltungsskript erfordert Pyrosetta, das nach diesen Instuktionen installiert werden kann.

4.) Laden Sie das trainierte Modell von hier herunter und platzieren Sie ProRNA3D_model/

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

Das war's! PRORNA3D-SINGLE ist zur Verwendung bereit.

Verwendung

1.) Legen Sie die Protein- und RNA -Monomere (PDBS) in inputs/

2.) Platzieren Sie die ESM2-Einbettungen in inputs/ (siehe Beispieleingänge inputs/7ZLQB.rep_1280.npy ) und platzieren Sie die RNA-FM-Einbettungen innerhalb inputs/ (siehe Beispiel hier inputs/7ZLQC_RNA.npy ).

3.) Platzieren Sie das Protein (c _α -C _α ) Distanzkarten in prot_dist/ (siehe Beispiel prot_dist/7ZLQB_prot.dist ) und platzieren Sie die RNA (C ' ₄ -c' ₄ ) Distanzkarten innerhalb von rna_dist/ (siehe Beispiel rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.dist ).

4.) Geben Sie die Liste der Ziele in die Dateieingänge inputs.list List in inputs/ .

5.) Laufen

 python run_predictions.py

In diesem Skript werden Inferenz ausgeführt und interprotein-rNA-Interaktionen in out_inter_rr/ generiert. Dann verwandelt es die Vorhersagen in gefaltete 3D-Protein-RNA-Komplexstrukturen innerhalb predictions/ in die Falt-3D-Protein-RNA-Komplexstrukturen

Datensätze

• Die Zug-, Validierungs- und Test -Set -Listen sind innerhalb von Datasets/ verfügbar.
• Daten aus PDB kuratiert.