ProRNA3D single

单序蛋白-RNA复杂结构通过生物语言模型的几何注意配对预测

由Rahmatullah Roche，Sumit Tarafder和Debswapna Bhattacharya

[Biorxiv] [PDF]

我们的单序蛋白RNA复合结构预测方法Prorna3D单键的代码库。

安装

1.）我们建议conda虚拟环境安装prorna3d单个环境的依赖项。以下命令将创建一个名为“ prorna3d-single”的虚拟环境

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.）然后激活虚拟环境

conda activate ProRNA3D-single

3.）折叠脚本需要Pyrosetta，可以在这些启动之后安装。

4.）从此处下载训练有素的模型，然后放置在ProRNA3D_model/

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

就是这样！准备使用Prorna3D单壁。

用法

1.）将蛋白质和RNA单体（PDB）放入inputs/

2.）将ESM2嵌入在inputs/ （请参阅示例inputs/7ZLQB.rep_1280.npy ），然后将RNA-FM嵌入在inputs/ （请参阅此处的示例inputs/7ZLQC_RNA.npy ）。

3.）将蛋白质（ _Cα - _Cα ）距离映射放入prot_dist/ （示例prot_dist/7ZLQB_prot.dist ），然后将RNA（ _{C'4 -C'4} ）放置rna_dist/ （请参阅示例rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.dist ）。

4.）将目标列表放入文件inputs.list中。清单inputs/ 。

5.）运行

 python run_predictions.py

该脚本将运行推理并生成蛋白间 - RNA Inside Inside out_inter_rr/ 。然后，它将预测变成predictions/内部折叠的3D蛋白-RNA复合物结构

数据集

• 火车，验证和测试集列表可在Datasets/内提供。
• 从PDB策划的数据。