ProRNA3D single

Прогнозирование структуры комплексной структуры с однопоследованием с помощью геометрического спаривания с поддержкой геометрического с поддержкой внимания моделей биологического языка

Рахматулла Рош, Сумит Тарафдер и Дебсвапна Бхаттачарья

[biorxiv] [pdf]

Codebase для нашего метода прогнозирования структуры комплексной структуры в однопоследовании, PRORNA3D-Single.

Установка

1.) Мы рекомендуем виртуальную среду Conda для установки зависимостей для Prorna3d-Single. Следующая команда создаст виртуальную среду с именем «prorna3d-single»

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.) Затем активируйте виртуальную среду

conda activate ProRNA3D-single

3.) Складной сценарий требует пирозетты, который может быть установлен после этих инстакций.

4.) Загрузите обученную модель отсюда и поместите в ProRNA3D_model/

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

Вот и все! Prorna3d-Single готов к использованию.

Использование

1.) Поместите мономеры белка и РНК (PDB) внутри inputs/

2.) Поместите вставки ESM2 внутри inputs/ (см. Пример inputs/7ZLQB.rep_1280.npy ) и поместите вставки RNA-FM внутри inputs/ (см. Пример здесь inputs/7ZLQC_RNA.npy ).

3.) Поместите карты расстояния белка (C _α -C _α ) внутри prot_dist/ (см. Пример prot_dist/7ZLQB_prot.dist ) и поместите РНК (C ' ₄ -C' ₄ ) Карты внутри rna_dist/ (см. Пример rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.dist ).

4.) Поместите список целей в файловые inputs.list Список внутренних inputs/ .

5.) запустить

 python run_predictions.py

Этот скрипт будет выполнять вывод и генерировать взаимодействие между белковой РНК Inside out_inter_rr/ . Затем он преобразует прогнозы в сложенные трехмерные структуры белка-РНК внутри predictions/

Наборы данных

• Списки поезда, проверка и набор тестирования доступны внутри Datasets/ .
• Данные курируются из PDB.