ProRNA3D single

Previsão da estrutura do complexo proteico-RNA de sequência única por emparelhamento geométrico habilitado para atenção de modelos de linguagem biológica

Por Rahmatullah Roche, Sumit Tarafder e Debswapna Bhattacharya

[biorxiv] [pdf]

Base de código para o nosso método de previsão de estrutura de estrutura de proteína-RNA de sequência única, ProRNA3D-single.

Instalação

1.) Recomendamos o ambiente virtual do CONDA para instalar dependências para o prorna3d-single. O comando a seguir criará um ambiente virtual chamado 'prorna3d-single'

conda env create -f ProRNA3D-single_environment.yml

2.) Em seguida, ative o ambiente virtual

conda activate ProRNA3D-single

3.) O script dobrável requer pirosetta, que pode ser instalado seguindo estas instituições.

4.) Faça o download do modelo treinado daqui e coloque dentro ProRNA3D_model/

 curl --output ProRNA3D_model/model.pt "https://zenodo.org/records/11477127/files/model.pt?download=1"

É isso! Prorna3d-single está pronto para ser usado.

Uso

1.) Coloque os monômeros de proteína e RNA (PDBs) dentro de inputs/

2.) Coloque as incorporações ESM2 dentro inputs/ (consulte Exemplo inputs/7ZLQB.rep_1280.npy ) e coloque as incorporações RNA-fm dentro inputs/ (consulte o exemplo aqui inputs/7ZLQC_RNA.npy ).

3.) Coloque os mapas de distância da proteína (C _α -C _α ) dentro prot_dist/ (consulte o exemplo prot_dist/7ZLQB_prot.dist ) e coloque os mapas de distância RNA (c ' ₄ -c' ₄ ) dentro rna_dist/ (consulte o exemplo rna_dist/7ZLQC_RNA.c4p.dist ).

4.) Coloque a lista de metas na inputs.list do arquivo. Lista interna inputs/ .

5.) Execute

 python run_predictions.py

Este script executará a inferência e gerará interações entre proteínas-RNA dentro out_inter_rr/ . Em seguida, ele transformará as previsões em estruturas de complexo proteico 3D dobradas dentro de predictions/

Conjuntos de dados

• As listas de trem, validação e conjunto de testes estão disponíveis nos Datasets/ .
• Dados com curadoria de PDB.