varVAMP

VAR ICE V IRUS AMP LICON（VARVAMP）是設計高度多樣性病毒引物的工具。輸入是病毒（全基因組）序列的對齊。

varvamp

對於許多病毒屬，很難設計泛特異性底漆。 VARVAMP通過將模棱兩可的字符引入底漆來解決此問題，並最大程度地減少3'末端的不匹配。引物可能不適用於您的輸入一致性的某些序列，但應認識到大多數。

Varvamp有三種不同的口味：

單人：VARVAMP搜索最佳的引物，並報告可用於基於PCR的篩選方法的非重疊擴增子。

瓷磚：VARVAMP使用基於圖的方法來設計整個病毒基因組的重疊擴增子。這設計適合牛津納米孔或基於光明的全基因組測序的擴增子。

QPCR ：VARVAMP搜索具有優化內部探針（Taqman）的小擴增子。它可以最大程度地減少引物之間的溫度差異，並檢查擴增的二級結構。

文件

• 安裝
• 準備數據
• 用法
• 輸出
• 濕實驗協議
• 它如何工作
• 常問問題

已經建立的底漆方案

我們與各自病毒的專家合作，已經為各種病毒病原體設計和濕lab評估了底漆方案。所有輸入數據和VARVAMP輸出都可以在此處自由使用。

此外，現在可以在PrimerSchemes上使用Varvamp引物。 Varvamp現在以ARTICV3格式報告底漆床文件。隨意通過QuickLab的GitHub存儲庫來貢獻新設計的方案。使用克里斯·肯特（Chris Kent）開發的Primal Page來生成兼容拉普雷斯的數據。

引用Varvamp

VARVAMP：瓷磚全基因組測序和高度多樣性病毒病原體的QPCR的自動板特異性引物設計。

Biorxiv預印本

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重要的免責聲明：對於引物設計，Varvamp使用Primer3檢查序列消化的KMER是否是潛在的引物。某些功能是根據Primalscheme改編的，我沒有聲稱。

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